首先，妳們之間簽訂的協議是有法律效力的，可以說明乙方已經退出，屬於妳。但根據法律規定，船舶所有權轉讓的，需要辦理登記手續。不辦理的，在妳們之間有效，但對妳以外的人沒有轉讓的法律效力。也就是說，對於別人來說，船還是妳們兩個人的。經濟糾紛由妳們雙方承擔。
其次，妳可以去廣西省司法廳的網站上查壹下公證費的規定。