生物:種子、花粉、細菌醫學:血細胞、病毒、動物:大腸、絨毛、細胞、纖維>材料:陶瓷、聚合物粉末、環氧樹脂化學、物理、地質、冶金、礦物、汙泥(細菌)、機械、電機、半導體等導電樣品(IC、線寬測量、截面、結構觀察)電子材料。
掃描電鏡比光學顯微鏡具有分辨率更好、景深更大的優點，有利於觀察樣品的表面形貌和尺度。可以提供立體的三維圖像。