1.職責不同:機長是飛行過程中的管理者，除了駕駛飛機，還要負責整個飛行的運行和安全，而二副機長作為機長的助手，在機長有特殊情況時負責駕駛飛機。
2.權力不同:機長具有最高的法律地位和至高無上的權力，他在飛行中具有最高的法律地位和至高無上的權力。他在航空活動中對飛機和乘客的安全負有直接和最終的責任，而二副機長不允許指揮機長，但及時提醒是二副機長的職責之壹。