南京南站和南京站的區別主要在於功能、路線、位置。
南京南站以高鐵列車為主，南京站是普高混動，主要停靠普速列車。兩者連接的線路也不壹樣。南京南站主要連接鹹寧、榮寧、京滬高鐵，南京站主要連接寧西、京滬、滬寧城際。從位置上來說，南京南站在雨花臺區，南京站在玄武區。