只要農村自建房協議的內容是雙方的真實意思表示，協議簽署人具有民事行為能力，協議內容符合法律規定，不違背公序良俗，就具有法律效力。買賣合同簽訂後，雙方應履行各自相應的義務。
法律客觀性:
民事法律行為符合下列條件的，民法典第壹百四十三條有效: (壹)行為人具有相應的民事行為能力；(2)意思表示真實；(三)不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。第二百二十壹條當事人簽訂房屋買賣協議或者其他不動產物權協議的，為保障將來物權的實現，可以向登記機關申請預告登記。預告登記後，未經預告登記的權利人同意處分不動產的，不發生物權效力。