壹般不能註銷被告公司。因被告公司在提起訴訟時權利義務關系不明確，公司清算組無法準確確定公司資產和債權債務，故在訴訟結束、公司依法清算前，不能申請註銷登記。
法律客觀性:
《最高人民法院關於適用的解釋》第六十四條:企業法人解散的，依法清算、註銷前為當事人；未經依法清算而被撤銷的，企業法人的股東、發起人或者投資者為當事人。《中華人民共和國民法典》第六十八條有下列原因之壹並依法完成清算和註銷登記，法人終止: (壹)法人解散；(二)法人被宣告破產的；(三)法律規定的其他原因。法律、行政法規規定法人終止應當經有關機關批準的，依照其規定。