根據妳提供的信息，可以認定該日本男子是在當地監獄協議辦理離婚手續的，但沒有當地公證和我駐日使館的認證，所以離婚手續不具有法律效力。中國人要離婚，應該在中國再起訴離婚；然後，中國人可以憑公證離婚文書在中國辦理戶籍“婚姻狀況”的變更和可能的再婚手續。
另外，和日本人離婚，要報日本人的籍貫或居住地。
離婚申報註意事項
(1)需要兩位20歲以上的見證人簽名。
(2)如果證人是日本人，他/她除了簽名外，還應蓋章。可能是各個服務站的民用課程規定不壹樣吧。