2.不同的適用法律和法規。小食品店的登記證只適用於地方性法規，食品經營許可證適用於《餐飲服務許可管理辦法》，這是國家法律法規。
3，扮演不同的身份。小作坊、小商店、小攤基本沒有固定的合法地點，大部分沒有工商營業執照。小食品店的登記證起到了“臨時身份證”的作用；《食品經營許可證》只是行業經營許可憑證。
法律依據:《中華人民共和國食品安全法》
第三條食品安全工作應當以預防為主、風險管理、全過程控制和社會治理為基礎，建立科學嚴格的監督管理體系。
第四條食品生產經營者應當對其生產經營的食品安全負責。食品生產經營者應當依照法律法規和食品安全標準從事生產經營活動，保障食品安全，誠信自律，對社會和公眾負責，接受社會監督，承擔社會責任。
第五條國務院設立食品安全委員會，其職責由國務院規定。國務院食品藥品監督管理部門依照本法和國務院規定的職責，對食品生產經營活動實施監督管理。國務院衛生行政部門依照本法和國務院規定的職責，組織食品安全風險監測和風險評估，並會同國務院食品藥品監督管理部門制定和公布食品安全國家標準。國務院其他有關部門依照本法和國務院規定的職責，承擔食品安全工作。