進行實體法律推理時，必須對法律規範(大前提)和案件事實(小前提)的實體內容進行法律評價，做出相應的價值判斷，拒絕適用“惡法”。也就是說，在法律適用的過程中，在某些特定的場合，基於對法律的實質內容或案件事實本身的分析和評價，基於壹定的價值原因，進行法律適用的推理。實質法律推理雖然也有“因為…………”的形式，但其推理主要基於對法律規範和案件事實的分析和評價。
分析構成案件事實的各種因素及其關系，結合相關法律規範進行法律評價，從而為法律推理的成立提供實質性理由。因此，實質法律推理是辯證邏輯推理在法律適用中的應用。實質法律推理的運用是從形式法治走向實質法治，進而在新的基礎上實現形式法治與實質法治統壹的基本工具。