主要原因是印尼的地理位置。從地圖上看，印尼不是相連的，而是壹個破碎的地理格局，不僅培育了多元的宗教文化。就連印尼的建國五原則也包括信仰上帝、人道主義、團結、民主、社會正義，這其實是壹套強調知識與合作精神的包容性。
值得註意的是，東南亞基本上都是佛教國家，但只有馬來西亞和印度尼西亞選擇了伊斯蘭教，因為古代社會水陸交通比陸路交通更方便。東南亞島國的宗教信仰更容易受到外來新宗教的沖擊。大約800年前，伊斯蘭教通過水路廣泛傳播到東南亞島國。而且伊斯蘭教傳播時高度依賴軍事優勢，所以佛教在有軍方背景的宗教競爭中失利是非常正常的。
印尼雖然沒有固定的宗教，但是要求有自己的宗教信仰。此外，印度尼西亞約五分之四的人口信奉伊斯蘭教，是世界上穆斯林人口最多的國家。僅有約6%的人口信奉新教，4%信奉天主教，其余信奉印度教、佛教和原始拜物教。大約88%的人信仰伊斯蘭教，5%的人信仰新教，3%的人信仰天主教，2%的人信仰印度教，只有1%的人信仰佛教。印度尼西亞現在是世界上穆斯林人口最多的國家。