軍事檢察院納入軍隊建制，實行雙重領導體制。中國人民解放軍軍事檢察院在中央軍事委員會總政治部和中華人民共和國最高人民檢察院的領導下工作。其他各級軍事檢察院在同級軍隊政治部和上級軍事檢察院的領導下工作。軍隊各級政治機關保證各級軍事檢察院依法獨立行使檢察權。
軍事檢察院的基本職能是:保證國家憲法、法律和軍事法規在軍隊中統壹正確地實施，維護軍隊和軍人的合法權益，保障國家社會主義現代化建設和軍隊革命化、現代化、正規化建設的順利進行，鞏固和提高軍隊的戰鬥力。其具體職能是對危害國家安全的案件和軍隊其他重大刑事案件行使檢察權；對軍隊貪汙賄賂、挪用公款等犯罪和瀆職侵權案件直接立案偵查；審查軍事保衛部門和我院偵查的案件，決定是否逮捕、起訴，監督其偵查活動的合法性；起訴刑事案件，在軍事法庭代表國家支持公訴，監督軍事法庭審判活動的合法性；監督軍事法院刑事判決、裁定的執行和軍事監督場所活動的合法性；以預防職務犯罪為重點，在軍隊預防犯罪綜合治理中發揮積極作用。