生殖本能理論被認為是同性戀恐懼癥的最主要根源。對於父母和孩子來說，如果是同性戀，就會打破生物繁衍的鏈條，成為家庭繼續繁衍的潛在威脅。除了宗教之外，還有壹種觀念認為人的生命會在死後和諧地延續在子女和子女的身體裏，而同性戀正在破壞這樣的和諧。
壹些性理論家解釋說，男同性戀之間的關系通常比女同性戀之間的關系更具攻擊性，因為恐同者認為他們的利益受到了同性戀關系的威脅。同性戀關系壹般被認為是對傳統性別角色的挑戰，是壹種“跨越性別角色的邊界”。對“性別角色越界”的恐懼是同性戀恐懼癥的另壹個主要來源。研究報告指出，大多數恐同者對性別角色的觀念非常僵化，比如“男性至上”。在西方國家，恐同者害怕同性戀會導致家庭和社會組織結構的解體；再者，大部分男性害怕傳統性別角色的顛覆會讓他們失去原有的利益、主導地位和特權，從而導致男女社會化過程中同性戀恐懼癥的加劇。在西方傳統文化中，男性已經習慣了性別優越的觀念，即對弱勢女性的支配，這種觀念已經滲透到社會生活的各個層面。當男性發現傳統賦予他們的特權受到挑戰時，那些實踐“性別角色越界”的同性戀者就被視為對他們切身利益的威脅。
壹些組織或個人宣稱反對同性戀，或因其宗教原則而積極反對。這壹原則的倡導者通常譴責針對同性戀的暴力，但他們在同性戀的法律地位上表現出各種立場。壹些人認為這種態度鼓勵了同性戀恐懼癥。請參考宗教和同性戀。
壹些法律鼓勵或合法化同性戀恐懼癥，如雞奸法，第28條和自願年齡的同性戀和異性戀之間的歧視。