1，不同範圍:
(1)免稅可以針對的東西很廣；
(2)保稅貨物只能針對貨物。
2、政策的性質不同:
(1)免稅是壹種稅制；
(2)保稅是稅收的特例。
3.根據不同的產品類型:
(1)免稅可以針對包括進口產品在內的很多產品；
(2)保稅貨物只能適用於進口貨物。
4、地位也不同:
(1)免稅在中國是壹部重要的法律；
(2)保稅只是海關中的壹種制度。
5、可以設置不同的策略區域:
(1)可以建立免稅區；
(2)只能建立保稅區。
保稅商店和免稅商店的定義如下:
1.保稅區又叫保稅倉庫區，級別低於綜合保稅區。這是壹個國家的海關設立的或經海關批準註冊的，由海關監督管理的，可以長期存放貨物的區域。經國務院批準，由海關實施特殊監管的經濟區域。
2.免稅商店是指經海關總署批準，在中華人民共和國和國務院或其授權部門批準的場所設立銷售場所和存放免稅商品的監管倉庫，向特定對象銷售和供應免稅商品的商店。
法律依據:《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十五條。
下列項目免征增值稅:
(壹)農業生產者銷售的自產農產品；
(二)避孕藥品和器械；
(3)古舊書籍；
(四)直接用於科學研究、科學實驗和教學的進口儀器設備；
(五)外國政府和國際組織無償提供的進口物資和設備；
(六)殘疾人組織直接進口的殘疾人專用物品；
(七)出售自用物品。
除前款規定外，增值稅的免稅、減稅項目由國務院規定。任何地區和部門不得規定免稅、減稅項目。