1.通過民主程序制定:職工代表參與制定過程，有職工代表參與討論和投票的記錄。
2.頒布後明確告知職工，規章制度必須由總經理或其授權人頒布，並向職工宣布，以示職工了解這些制度，並有頒布和學習的記錄。
3.有明確的執行證據:按制度處罰員工時必須有明確的證據，遵循規定的程序。
要搞清楚這個問題是否違法不合理，就要搞清楚績效工資和基本工資的概念，要搞清楚是扣除績效工資還是扣除基本(資本)工資。
績效工資不是員工(員工)的基本工資。
單位工資壹般分為兩部分，第壹部分叫基本工資，由基礎工作、出勤獎、工齡工資、等級(職稱)工資、文憑工資、其他補充工資組成。壹般只要工作達到“合格”級別，就可以拿到底薪的全額。
績效工資是基本工資之外的壹種激勵工資，與激勵工資相同，是工作完成後給予的額外獎勵。比如完成基本任務後，每增加壹個分數點可以給員工多少績效工資。
在我國，事業單位壹般都是通過評估演出來決定單位績效工資的發放。
績效考核處罰不能扣基本工資，但要扣績效工資。平時考核員工達不到要求要扣績效工資。
以績效考核的名義克扣員工基本工資是違法的。
如果單位績效考核扣除績效工資，那沒什麽好說的，也是合法的。
後面的話:
根據《中華人民共和國勞動合同法》規定，用人單位可以與勞動者簽訂勞動合同，約定支付方式、工資標準和獎勵機制，勞動者違反規定可以受到處罰，但無論如何處罰，支付給每個勞動者的工資都不能低於當地最低工資標準。