程序的法律後果主要涉及法官是否依職權調查或發回重審。可見的、不清楚的事實可能有三種法律後果:
第壹，調查取證；
二是發回重審；
三是處理實體中已存在的不利於有舉證責任壹方的事實。
1.事實不清的權力調查。在實踐中，許多合議庭和審判委員會在討論案件時仍然遵循傳統做法。對於事實不清的案件，都決定依職權調查，有的甚至反復進行調查。當事人調查的事實沒有申請調查，也不屬於當事人先前調查的事實，不屬於《關於證據的若幹規定》第15條規定的法官依職權調查的範圍。《關於證據的規定》第十六條明確規定:“除本規定第十五條規定的情形外，人民法院應當根據當事人的請求調查收集證據”。在當事人沒有申請調查的情況下，合議庭和審判委員會不能決定調查證據規定第15條以外的事實。
2、事實不清而發回重審:
(壹)因事實不清而發回重審的，應當是由於法官的過錯，以及未依職權或依申請查明的事實。包括實體事實不清和程序事實不清。實體事實不清的，主要事實應當不清；程序事實不清，即《證據規定》第15條。
(二)依據職權應當調查而未查清的程序性事項，從而影響實體處理的。比如當事人的主體資格事實不清。對於法官依職權或者依申請不應查明的實體事實和程序事實，如果沒有查明過錯，影響二審直接判決的，可以發回重審。但是，在司法實踐中，有壹些事實是無法查明的，即無法取得新的證據的事實；不屬於當事人申請或者應當由法官依職權調查收集的事實，也應當發回重審。在我們看來，這是不恰當的。
(三)此外，應當註意壹審法院違反相關舉證規則，如剝奪當事人的舉證權利；或者沒有給予當事人足夠的舉證時間，以致事實不清，需要發回重審的，按程序違法處理。需要發回重審的，適用程序違法的規定，不適用事實不清的規定。
3.事實不清的實質後果。雖有“事實不清”，但符合下列條件的，應當根據現有證據作出實質性判斷。
(1)，沒有侵犯當事人舉證權利等違反程序的行為；
(2)、沒有證據證明當事人申請調查，且屬於人民法院應當調查的；
(3)沒有證據表明法官應該依職權進行調查。如果上述三種情形中有任何壹種相反，都不能作出實質性的判斷，應當按照舉證規則和相關程序規定處理。