1.提高水資源保護意識
長江流域水資源雖然相對豐富，但總量仍然有限，時空分布不均。水也是壹種非常脆弱的自然資源，很容易被汙染和破壞。人們必須更新觀念，提高對保護水資源在實施可持續發展戰略和促進社會全面進步中重要性的認識。利用各種方式加強宣傳教育和輿論監督，使社會各界和公眾了解和遵守水法，增強人們的水資源保護意識，特別是提高各級領導幹部對國家環境保護政策的認識，增強緊迫感和危機感，使保護水資源成為全民的自覺行為。建立完善的公眾參與體系，齊心協力，加快防治保護步伐，為今世後代留下美好的水環境和生存空間。
2.加強長江流域監督管理。
條塊分割的管理體制人為割裂了系統完善的水系，“多龍治水”難以做到“統壹規劃、合理布局”。水資源保護應當遵循水資源與水環境相結合、水量水質並重的原則，實行統壹管理，實現宏觀調控，制定和規劃全流域水資源保護目標、措施和要求，理順關系，完善機構，加強流域水資源保護和管理，加快水資源保護決策支持系統建設。
①完善水環境監測網絡，加強監測能力建設。在現有水質站網的基礎上，盡快完善水環境監測站網，加大水質監測投入，提高監測應急能力。根據流域水功能區劃，優化飲用水水源地布局，嚴格控制重點保護河段和主要排汙口的站或點排汙總量。采用先進的科學技術，提高監測站網的采樣能力、分析能力和信息處理傳輸能力，逐步建立水質自動監測站網，及時準確地向有關部門反映水質狀況和水汙染防治效果，為水資源的管理和保護以及水汙染防治服務。
②進壹步完善取水許可管理。要嚴格控制取水，限制耗水量大、汙染嚴重的企業用水，嚴格管理回水水質，嚴格監管所有從長江取水的企業和單位。
(3)加強入河汙水總量監管。在合理規劃入河排汙口的同時，要依據《水法》、《水汙染防治法》等相關法律法規，加強對新建、擴建入河排汙口的監督管理。超過總量控制要求的，要依法處理。
④推進水資源保護建設，加強以源頭控制為主的水汙染綜合治理。長期以來，工業汙染主要以末端治理為主，成本高，效果差。實施可持續發展戰略，必須向以源頭控制為基礎的全過程汙染控制轉變，包括選用無汙染的原材料，采用汙染輕的先進技術和設備，減少汙染排放。對造成長江流域嚴重汙染的行業和企業，責令限期進行治理，達到排放標準；不能按規定處理的，調整其產業結構或實施“關停並轉”。
3.完善法律體系
(1)可持續發展的立法理念貫穿憲法始終。
長江流域的水資源在中國的可持續發展中發揮著不可替代的作用。現行憲法雖然以國家根本法的形式規定了國家保護環境、防治汙染和其他公害、保護自然資源的原則，但沒有明確把可持續發展作為環境和資源保護的指導思想。我國《環境保護法》等環境保護、汙染防治、保護自然資源的法律法規也存在這個問題。但是，中國的環境與發展十大對策和白皮書都把實施可持續發展戰略作為現代化建設的重大戰略。這表明中國的環境與資源法律政策嚴重脫節。此外，我國在20世紀80年代制定的單壹自然資源法律法規中，在指導思想上沒有將生態環境保護作為重要的立法目的，沒有對自然資源開發中的生態環境保護作出具體規定，導致這些自然資源法律難以滿足生態環境保護的需要，應適時修訂，增加可持續發展的內容。可持續發展以保護自然資源和環境為基礎，發展與資源和環境保護相互關聯，構成壹個有機整體，應體現在國家的根本法律中。
(2)改革排汙收費制度
壹是完善收費依據，由集中收費改為總量排放收費。濃度指標和總量指標相結合，在排放濃度控制的基礎上實施總量控制，不僅與我國“九五”期間實施主要汙染物總量控制的主要環保任務相壹致，而且可以從根本上解決大氣和水稀釋汙染物的問題，有效減少汙染排放。
二是用多因素疊加收費代替單因素收費。對於同壹汙染源多種汙染物疊加收費，汙染者應對其汙染行為承擔全部責任，符合汙染者付費原則。
第三，收費標準要根據經濟發展和物價水平變化進行調整，使收費水平略高於設備運行成本，可以刺激企業運行設備治理汙染。
第四，實行由超標排汙費向汙染費的轉變，無論什麽樣的汙染，都要征收排汙費、超標罰款，充分合理利用資源，使環境汙染程度控制在環境承載能力之內。
(3)重點汙染物排放總量控制
為落實《水汙染防治法》第十六條規定的重點汙染物排放總量控制制度，在吸收地方立法經驗和總量控制、排汙許可實踐經驗的基礎上，重新制定本條例。
(4)建立排汙權交易制度。
作為環境保護的重要經濟手段，排汙權交易制度已經成為發達國家廣泛應用的壹項制度。壹些學者認為，在市場經濟條件下，必須運用更多的經濟手段來促進環境保護的發展。在立法上，應將部分環境資源視為商品，建立排汙權交易制度。在總量控制和濃度控制的前提下，環境資源應逐步實行有償分配。獲得這種資源的企業可以把它們放到市場上進行交易，就像獲得壹種商品壹樣。交易方式主要以排汙許可證有償轉讓的形式進行，排汙總量由市場機制控制。我國現行環境立法沒有明確規定汙染權，相應的制度也尚未建立。為了適應我國環境保護的需要，我們必須盡快完善這方面的立法。