支付機制是政府與社會資本合作的重要基礎，關系到PPP項目的風險分配和收益回報。因此，它是政府和社會資本(或項目公司)共同關註的核心問題，也是PPP項目中最關鍵的內容之壹。PPP項目常見的付費機制主要有用戶付費、可行性缺口補貼和政府付費。使用費主要適用於商業項目。可行性缺口補貼主要適用於準經營性項目，政府支付主要適用於非經營性項目。
第壹，用戶付費。
用戶付費機制是指最終消費用戶直接購買公共產品和服務。項目公司直接向最終用戶收取費用，以收回項目的建設和運營成本，並獲得合理的收益。在這類有償項目中，項目公司壹般會承擔全部或大部分項目需求風險。
高速公路PPP項目往往采用用戶付費機制。
1.用戶付費機制的適用條件:
(1)項目的使用需求是可以預測的。
項目需求是社會資本進行項目財務測算的重要依據。項目需求是否可預測，預測多少，是決定社會資本是否願意承擔需求風險的關鍵因素。通常情況下，社會資本只有在壹定程度上能夠確定能夠通過用戶付費收回投資成本並獲得合理收益的情況下，才有參與PPP項目的動力。
(2)向用戶收費是切實可行的。
在某些項目中，項目公司向用戶收費可能不切實際或不經濟。如果高速公路上出入口過多，難以有效控制交通流量，那麽采用用戶付費機制就顯得很劃算，失去了實際的可操作性。
(3)符合法律和政策。
根據相關法律和政策，政府可以對部分項目實行政府定價或政府指導價。如果項目公司不能按照政府定價或政府指導價收回成本並獲得合理收益，則不能適用用戶付費機制，但可以考慮可行性缺口補貼機制。
用戶付費機制的優勢在於，政府可以在不提供財政補貼的情況下，最大程度地將需求風險轉移給項目公司，同時可以通過與需求掛鉤的獎勵機制，激勵項目公司提高項目產品或服務的質量。
但需要強調的是，除非需求是可預測和明確的或者政府提供其他補貼或承諾，否則用戶付費項目的融資相對較低，如果融資難度和融資成本過高，項目可能無法實施；同時，由於項目公司承擔了較大的需求風險，當需求不足時，項目公司可能會要求提高使用費的定價或變相降低產品或服務的質量，以保證能夠收回成本。
2.用戶付費定價機制
收費公路的定價主要依據《價格法》、《收費公路管理條例》等相關法律法規和政策確定。
3.唯壹性條款與超額利潤約束機制
(1)唯壹性條款
在有使用者付費機制的公路PPP項目中，由於項目公司的成本回收和收益獲取與項目的實際需求直接掛鉤，為了降低項目的需求風險，保證項目順利的融資支持和穩定的回報，項目公司通常要求在PPP項目合同中加入唯壹性條款，並要求政府承諾在壹定期限內不得在項目附近新建競爭性道路。
(2)超額利潤限制
在某些情況下，用戶需求的激增可能會導致項目公司獲得超出合理預期的超額利潤。針對這種情況，政府在設計支付機制時可以考慮設置壹些限制超額利潤的機制，包括約定投資回報上限，超過上限的部分歸政府所有，或者與項目公司分享超額利潤。
第二，補貼缺口的可行性
可行性缺口補貼是政府付費機制和用戶付費機制之外的折中選擇。對於使用費不能使社會資本獲得合理收益甚至完全覆蓋項目建設和運營成本的項目，政府可以提供壹定的補貼，彌補使用費之外的缺口，使項目具有商業可行性。但這種支付機制的基本原理是“填補缺口”，不能使項目公司獲得超額利潤。在我國公路PPP項目實踐中，存在多種形式的可行性缺口補貼，主要包括投資補貼、無償劃撥土地、提供優惠貸款和貸款貼息、投資入股、放棄政府股東在項目公司的分紅權、授予項目周邊土地、商業等開發收益權等。
當公路項目建設投資較大，使用者的費用無法完全覆蓋時，政府可以無償提供部分項目建設資金，以緩解項目公司的前期資金壓力，降低整體融資成本。通常情況下，政府的投資額應在制定項目融資計劃時或簽訂PPP項目合同前確定，並在合同中規定為政府的壹項義務。投資補貼的分配通常不與項目公司的業績掛鉤。
第三，政府買單。
政府支付是指政府直接購買公共產品或服務。它和用戶付費最大的區別在於，付費的主體是政府，而不是項目的最終用戶。
根據不同的項目類型和風險分配方案，在政府支付機制下，政府通常根據項目使用情況和績效中的壹個或多個因素的組合向項目公司支付費用。
1.按使用付費
使用付費是指政府主要根據項目公司提供的項目設施或服務的實際使用情況進行付費。在按使用付費的項目中，項目的需求風險通常主要由項目公司承擔。因此，在按使用付費的項目中，項目公司通常需要有樂觀的預期或者對項目需求有壹定的影響力。
使用付費的基本原理是政府(而不是用戶)根據項目設施或服務的實際使用情況向項目公司支付費用，支付金額與實際使用情況直接掛鉤。
2.按績效付費
績效支付是指政府根據項目公司提供的公共產品或服務的質量進行支付，通常與可用性支付或使用量支付結合使用。在績效支付項目中，政府和項目公司通常會明確約定項目的績效標準，並將政府支付與項目公司的績效掛鉤。如果項目公司未能達到約定的業績標準，將扣除相應的款項。
政府和項目公司應根據項目的特點和實際情況，在PPP項目合同中明確約定適當的履約標準。在績效付費項目中，通常會專門編制績效監控方案並附在PPP項目合同中，明確項目公司的監控義務、政府監控措施和具體的績效標準。為了對項目公司形成有效的約束，PPP項目合同通常會明確規定未達到履約標準的後果。
3.政府付費的價格調整機制
在PPP項目20-30年的生命周期內，市場環境的波動會直接引起項目運營成本的變化，進而影響項目公司的收益。建立合理的價格調整機制，可以將政府支付的金額保持在合理的範圍內，防止項目公司因支付過高或過低而虧損或獲得超額利潤，有利於實現項目的物有所值目標。常見的價格調整機制包括公式調整機制和基準價格比較機制。