如何妥善處理當前土地承包流轉中的矛盾糾紛，是各級組織特別是鄉(鎮)、村兩級必須高度重視的問題。筆者在調查研究的基礎上認為，處理此類矛盾糾紛，必須堅持《中華人民共和國農村土地承包法》、《江蘇省農村集體土地流轉辦法》等壹系列政策法規，以利於發展農村經濟、維護農民利益、穩定農村社會。要保護和調動農民種田積極性，維護農民土地承包權益，實事求是妥善處理，防止出現更多更大的社會矛盾。
1.集體經濟組織首先要做好思想工作，鼓勵外出務工農民有穩定就業和固定住所的，繼續從事二、三產業。如果農民確實需要土地，且原承包地已經專業承包的，原則上在專業承包期滿後返還承包地。如果農民承包的土地已經平均分配給集體經濟組織其他成員，可以在流動土地中解決。如果沒有流動土地，就要盡量通過土地流轉幫助農民獲得土地。如果解決不了，就在下壹次小的土地調整中解決。目前可以通過給予適當補貼來處理。對空掛戶、口袋戶等人員要求土地承包的，原則上在原戶口所在地辦理。原承包地已經承包出去的，承包期滿後退還。原承包土地已平等轉包的，原則上在下次土地略有調整時執行。在返還和落實承包地時，需要補繳欠稅。
2.在土地流轉過程中，未直接與農民簽訂土地流轉合同的，應當全部補辦，或者完善委托流轉手續。沒有土地出讓合同但有協議的，應當依法簽訂；原有流轉合同不規範，特別是群眾意見大、補償標準低、流轉時間長的合同，要根據情況調整補償標準和方式。對於強迫農民流轉土地，首先要做細致的工作鈍化矛盾，在取得群眾的理解和支持後完善必要的程序。不能征得群眾同意，確需歸還土地的，原則上應通過協商做好土地歸還工作。集體經濟組織或者其他組織截留、克扣土地流轉收益的，應當全額返還給農民。
3、以劃分“口糧田”和“責任田”為借口，收回農民承包地搞招標承包，原則上維護招標承包合同的嚴肅性，繼續履行，但招標收入從現在起視情況另行處理。集體經濟組織沒有追加改造投資的，原則上全部返還給農民。通過增加投資改造的集體經濟組織，應在協商壹致的基礎上，在集體和農民之間合理分配。對已壹次性收取承包款，並已用於還債、工作等方面的，要耐心細致解釋，不得退回。集體負債較高，確需繼續使用承包資金還債的，必須充分征求群眾意見，經群眾同意並簽字蓋章後方可進行。招標合同期滿後，必須重新確認土地承包經營權。
4、由於農民負擔過重、糧價過低、耕作不方便等原因，而有的組自願將團級土地交給村級並相應扣除相關稅費和勞務，必須實事求是處理。如果當時所有農民都簽字蓋章了，就應該按照規定進行土地權屬變更登記。如果當時農民沒有簽字蓋章，或者只有組長簽字，那就要完善手續，到位後進行土地權屬變更登記。當時大多數人都不同意。現在如果土地還是集體經營，農民需要，就要把土地還給組壹級，重新確權到戶。土地已承包出去，未到期暫時不能歸還的，承包收益即日起歸還集團。集體經濟組織投入較多改善生產條件的，經協商，承包收益在村、組或農戶之間合理分配；村級集體經濟組織不增加耕地投入的，承包收益要全部歸組或農戶。如果承包款在發包方時已經壹次性收齊並使用，應得的組級收入應逐年記入組積累，待村級集體經濟組織有能力時再返還。專業承包期滿後，土地承包經營權應當歸組或者委托集體經濟組織重新承包。為“五舊地”、荒地、荒灘等。，由村級集中開發承包的，原則上應保持原承包合同的嚴肅性，承包主體仍是村級集體經濟組織，但應根據村級投資情況在村與組之間合理分配利益。