推進黨的制度建設，既要針對具體問題單獨制定壹些具體的規章制度，也要從整體上考慮制度的系統性設計和安排。黨的制度至少包括四個層次:
最高層是黨內權力結構的安排。這壹制度應著眼於正確處理黨員民主權利與黨內權力的關系。中層設計是權力的運行機制，即在壹定的黨內權力體系框架內，根據黨內權力與權利的互動規律，設計權力運行中各個環節的規則。微觀層面是權力運行中各個環節的操作程序設計。第四個層次是約束個人行為的紀律要求。
有的同誌對制度建設的理解很簡單，認為制定具體的工作規定和約束個人行為的紀律條款就叫制度建設。其實這是黨內制度中最淺的壹層，而這些工作規定和紀律要求能否得到很好的落實，往往取決於黨內的制度環境。在黨內制度中，黨內權力體系、權力運行機制和權力運行的程序規則，這三個層面構成了黨內的制度環境。制度環境直接決定了工作規定和紀律要求的執行。科學合理的黨內權力制度機制能夠最大限度地凝聚黨內力量，充分發揮全體黨員的積極性和創造性，而制度機制存在重大缺陷則會惡化制度環境，誤導黨員幹部的行為。實際上已經成為黨員幹部的制度陷阱。正是因為黨內的權力體系和運行機制還存在壹些缺陷，黨內的制度環境在壹定程度上惡化了，所以“潛規則”實際上可以控制壹些黨員幹部的個人行為。
胡錦濤同誌深刻指出，要科學合理配置權力，建立健全決策、執行、監督相互制約、相互協調的權力結構，形成結構合理、配置科學、程序嚴密、制約有效的權力運行機制。因此，既要考慮個別制度條文的創設，又要充分考慮制度構建的科學性和系統性。
黨的制度要形成完整的制度鏈。
黨內制度建設的壹個重要著力點是以制度管權。因此，制度建設不僅要以政治理念為基礎，還要遵循黨內權力運行的規律和特點，按照黨內權力與權利的互動規律設計壹整套制度鏈條。
這個完整的制度鏈條至少應該包括四個方面的考量:壹是權力運行的公開透明，防止暗箱操作；二是權力在壹定軌道上的封閉、有限運行，防止權力的無邊界、無規則使用；第三，權力的公開透明運行必須具有高度的剛性權威，防止制度的彈性，使制度的權威高於人的權威；第四，違反制度的權力行為必須受到明確的懲罰。
註重研究體系建設的成本和效率。
由於種種原因，改革開放前，我們黨對制度建設重視不夠。正是鄧小平同誌深刻反思和總結黨的建設的經驗教訓，提出了制度建設的極端重要性。此後，黨的制度建設日益受到黨的各級組織和各部門的重視，並取得了豐碩成果。同時，各級黨組織在發展黨內民主的探索中，湧現出壹批創新制度。制度建設成果眾多，成效明顯。但與此同時，壹些黨組織確實存在制度過於復雜、規則過於細化的現象。其實制度建設並不是說規則越多越好，而是要求它科學合理。規則的無序激增，壹方面使得制度的執行成本非常高，另壹方面可能因為某些規則之間的矛盾和沖突而成為某些人鉆空子的機會，影響制度的效率。我們需要對現有制度進行梳理，逐步清理不再適用的制度，同時根據黨的建設發展要求，對各地創新的不同做法作出必要的統壹規定，最大限度地發揮制度的功能效應。
用先進政黨文化支撐制度建設
制度安排的背後是制度的靈魂，其本質是黨內制度的價值合理性。壹方面，“制度體現特定的價值觀”，另壹方面，制度的建立和有效運行也依賴於壹定的文化價值觀。
黨員是黨的事業的主人，黨內壹切權力屬於黨員。黨員直接或間接決定黨內重大事務，參與黨內事務，使黨內民主成為黨內的壹種基本生活方式。這是黨的制度建設的價值理性要求。沒有價值理性，任何黨內民主制度都可能是空殼子，成為流於形式、毫無意義的東西，甚至可能打著制度建設的旗號設置規定和程序。
由於我們黨是執政黨，黨的制度建設也是深化國家政治體制改革、建設中國特色社會主義民主政治的核心內容和重要組成部分。此外，黨的制度建設與深化政府行政改革、提高政府行政效率、推進依法治國、實現黨的法治建設密切相關。因此，推進黨的制度建設需要在整個國家民主法治建設的大局中統籌規劃，註意解決黨的制度建設與國家法律法規的有機銜接和協調。
第壹，內容協調。黨的制度不僅是單壹的規則，而且是多層次的有機整體，具有內在統壹性。不同層次、針對不同目標和範圍的體系，要隨著形勢和任務的變化而不斷豐富和完善，更重要的是要註意與其他體系和整個體系的銜接、匹配和協調。
配置使系統的結構更加優化合理。
第二，充分發揮幹部的帶頭作用。作為黨和國家的中堅力量，各級領導幹部是廣大黨員和人民群眾的帶頭人，他們的壹舉壹動都具有重要的示範和導向作用。黨的制度落實的關鍵是各級領導幹部以身作則，發揮示範作用。制度規範的重點是權力的運行，而領導幹部是掌握和行使權力的主體。領導幹部特別是高中級領導幹部要努力樹立法律面前人人平等、制度面前沒有特權的思想。要求下屬做的事，上級必須先做；要求別人不做的，自己要堅決不做。領導幹部要自覺接受組織和群眾的監督，切實做到行動在普通幹部前面，標準更高，要求更嚴。領導幹部既要帶頭遵守制度，又要堅持原則，敢抓敢管，維護制度的嚴肅性和權威性，堅決同壹切違反制度的行為作鬥爭。
三是嚴格監督檢查制度執行情況。滑稽的實施要靠嚴格的監督來保證。壹些地方和部門的許多制度形同虛設，造成許多大案要案和重大事故。要明確黨的制度執行監督的主體和責任，把制度執行監督檢查納入黨的建設總體工作部署，完善體制機制，落實監督責任，整合監督資源，創新方式方法。逐步形成全面覆蓋、全程跟進、組織嚴密、運轉協調的監督檢查體系，嚴格查處違反制度的行為，堅決維護制度的權威性和嚴肅性。
第四，加強對制度實施的組織領導。完善黨委統壹領導、部門統壹管理、層層推進的黨建工作格局。各級黨委要高度重視，切實承擔起推進黨的制度建設的政治和領導責任。在建立健全各項制度的同時，切實加大對班組制度執行情況的監督力度。鞏固制度建設成果。各職能部門既要做好職責範圍內相關制度的制定工作，又要按照“誰指定誰負責”的原則，認真監督相關制度的執行情況。特別是各級紀檢機關要認真履行“維護黨章和其他黨內法規，檢查黨的路線方針政策和決議執行情況”的職責，著力監督黨的各項制度的全面落實。