縣級人民政府鄉鎮企業行政主管部門應當設立登記機構和專職人員，負責登記備案工作。
縣級以上人民政府鄉鎮企業行政主管部門應當加強對鄉鎮企業登記備案工作的指導和監督。第四條依法登記設立的各類鄉鎮企業，應當向當地登記備案管理機關辦理登記備案手續。
登記備案管理機關應當依法履行職責，及時對符合條件的鄉鎮企業進行核查登記，不受非法幹涉。第五條鄉鎮企業登記備案的範圍如下:
(壹)鄉(鎮)集體經濟舉辦的企業；
(二)村(村民小組)集體經濟組織舉辦的企業；
(三)鄉(鎮)、村(村民小組)集體經濟組織或農民組織的股份合作企業和股份制企業；
(四)農民合夥組織的企業；
(五)個體農民組織的企業；
(六)鄉鎮企業與其他企業、事業單位、個人和外來投資者聯合舉辦，且鄉鎮企業出資50%以上，或出資不足50%，但能起控股或實際控制作用的各類企業；
(七)鄉鎮企業在城市設立的分支機構；
(八)農村集體經濟組織在城市開辦的承擔支農義務的企業；
(九)法律、法規規定的符合鄉鎮企業條件的其他企業形式。第六條鄉鎮企業登記備案的主要事項包括:企業名稱、住所、經營場所、企業法定代表人或負責人、工商註冊號、經濟性質、組織形式、經營範圍、經營方式、行業類別、註冊資本、職工人數、經營期限等。
企業只允許使用壹個人的名字進行註冊。
企業法定代表人或企業負責人是企業向登記備案管理機關申請登記備案的簽字人。第七條依法登記設立的鄉鎮企業，應當在30日內向當地登記備案管理機關辦理登記手續。
鄉鎮企業變更名稱、住所、分立、合並、停業、終止等。，應當在依法辦理變更登記或者註銷登記後30日內，向當地登記備案管理機關申報登記備案。第八條鄉鎮企業應當填寫鄉鎮企業登記表，核發鄉鎮企業登記證。鄉鎮企業登記表和登記證由農業部統壹監制。第九條鄉鎮企業辦理備案登記時，應當到企業所在地的鄉級鄉鎮企業管理部門領取登記表，如實填寫，經企業法定代表人或者企業負責人簽字蓋章，登記備案管理部門授權的鄉級鄉鎮企業管理部門初審後，報登記備案管理部門審核確認。
登記備案管理機關應當在十五日內對提交的材料進行審查確認，發給登記備案證明，並將登記備案結果通知鄉(鎮)鄉鎮企業管理部門。
鄉(鎮)級鄉鎮企業管理部門應及時向企業發放登記證並告知結果。第十條下列企業按照以下原則辦理登記手續:
跨地區的合營企業應向企業所在地的登記備案管理機關辦理登記備案手續。
在經濟發達地區、經濟不發達地區和少數民族地區設立的合營企業，應向企業所在地的登記備案管理機關辦理登記備案手續。
鄉鎮企業在城市設立的分支機構和承擔支農義務的各類企業，應當向企業所在地的登記備案管理機關辦理登記備案手續。
異地的鄉鎮企業獨資企業應當向企業所在地的登記備案管理機關辦理登記手續。
集團企業應向核心企業所在地的登記備案管理機關辦理登記備案手續。
中外合資經營企業應向企業所在地的登記備案管理機關辦理登記備案手續。第十壹條各級人民政府的鄉鎮企業行政主管部門應當建立鄉鎮企業登記檔案和管理制度，為鄉鎮企業發展服務。
登記備案管理機關應當定期及時匯總企業登記備案情況並逐級上報。第十二條符合鄉鎮企業條件的企業不按規定辦理登記備案的，鄉鎮企業行政主管部門應當對其進行批評教育，責令其限期改正並辦理登記備案。
拒絕依法向登記機關登記的企業，不得享受國家和地方人民政府制定的鄉鎮企業優惠政策；取消鄉鎮企業系統先進單位和個人的參評資格。