1997年，俱樂部為了改變球隊的打法，開始堅持聘請外籍主教練，其中包括拉紮羅尼、伊利亞·佩特科維奇等曾帶隊參加世界杯決賽圈的主帥，以及獲得過歐洲冠軍杯的柳普科·彼德洛維奇。不過申花在此期間始終未能壓倒當時中國足壇的霸主大連隊，最終只獲得了四個聯賽亞軍和壹個足協杯。
2002年，俱樂部產權發生第壹次重大變化以上海文廣集團為首的六家上海大型國有企業接手俱樂部，重新聘請徐根寶出任主帥，並補充了杜威、於濤、孫祥等年輕球員。
2003年，申花以壹分優勢壓倒國際，奪得了聯賽改制前最後壹屆甲A聯賽冠軍。
2007年賽季開始前，另壹支中超球隊上海聯城的投資人朱駿收購申花俱樂部，將兩支球隊合並，並將俱樂部更名為上海申花聯盛足球俱樂部。
2008年賽季中段，賈秀全接替吳金貴成為執行教練。換帥後的球隊打出了多場驚心動魄的比賽，既有兩次0-2落後逆轉取勝，又在最後壹輪的聯賽中，球隊兩次領先但卻錯失了取勝機會，最終與冠軍失之交臂，獲得了十五年內的第八個聯賽亞軍。
賽季結束後，俱樂部宣布賈秀全將留任，並向全球招募技術總監和總經理，備戰2009年聯賽和亞洲冠軍聯賽。其中技術總監壹職是第壹次出現在中國足壇，最終由原埃因霍溫技術總監荷蘭前國腳法爾克斯擔任。而俱樂部總經理則是2007賽季的前主教練烏拉圭人吉梅內斯，申花也成為中國足球歷史上第壹個聘任外籍總經理的俱樂部。
2009年，申花繼續聘用賈秀全出任球隊主教練。外援方面引進了白俄羅斯球員瓦切斯勞·赫萊布以及入選過澳大利亞國家隊的馬克.米利甘。可惜整個賽季球隊戰績起伏不定，始終在8至4名之間徘徊。雖然聯賽最後壹輪申花在主場2：1戰勝了長沙金德，可惜積分仍未能超越山東魯能，最終只能屈居聯賽第5，無緣下賽季亞冠賽事。
2010年，申花聘請了曾經帶領克羅地亞闖入世界杯四強的名帥布拉澤維奇出任球隊主帥。同時引進了吳曦、馮仁亮、宋博軒等壹批年輕球員，著力打造壹支年輕化的球隊。在布帥的帶領下，申花青年軍整個賽季發揮出色。聯賽上半段壹度在積分榜上排名第壹，最終在賽季結束時獲得聯賽第三名，並收獲了2011賽季的亞冠資格。同時，申花陣中的外援前鋒裏亞斯科斯也以20粒進球收獲了賽季最佳射手榮耀。
2011年，本土教練奚誌康出任申花主教練，同時在球隊建設上延續了上個賽季的思路，繼續著力培養年輕球員。賽季初期依靠幾名小將的出色發揮以及兩名外援前鋒的連續進球，申花壹度占據聯賽三甲。可惜隨後宋博軒和邱添壹先後遭遇嚴重傷病，球隊也遭遇了連續多場不勝，戰績壹路下滑。聯賽中期申花聘用上賽季球隊助教拜塞克出任主帥。聯賽最後幾輪申花重新找回狀態，在主場先後絕殺杭州綠城和北京國安，最終以第11名結束2011賽季。