1)時間風險
企業需求分析不充分，需求反復修改，開發人員對系統開發難度和代碼量估計不足，都會導致開發人員無法保證系統開發的進度。
2)技術風險
開發商在獲得合同時的技術承諾可能由於各種原因無法在規定時間內實現，開發商需要更多的時間來消化技術，企業技術人員將很難掌握系統開發技術。
3)質量風險
開發人員為了節約開發成本，減少開發團隊的數量，影響系統開發的進度和質量。
4)成本風險
隨著系統的發展，企業和開發者都將付出高昂的代價。企業會增加ERP實施的成本，開發者會消耗更多的開發資源，以及違約的風險。
5)移植風險
開發者與企業的系統運行環境不壹致，會導致系統在移植過程中出現偏差。開發環境和運行環境的不壹致會導致系統功能實現出現偏差，達不到預期目標。
在ERP的第二個開發階段，企業和開發者必須高效合作，明確雙方的責任和義務，維護合同的權威性，友好合作地處理開發過程中的各種問題。同時，雙方要加強相互監督，信守承諾，避免不必要的損失。
為了規避上述風險，可以采取以下控制策略:(1)細化合約。
為避免因企業修改系統需求而導致開發人員重復修改系統代碼的矛盾，企業和開發人員在簽訂開發合同時，應明確系統開發過程中各種問題的解決方法，避免不必要的糾紛，影響系統開發；開發人員在完成系統需求分析後，會形成系統需求的書面文檔，在與企業充分論證並獲得企業認可後，再編寫系統代碼。這些都應該在合同中明確規定，防止工作過程沒有合同約束。
(2)企業積極配合。
在分析企業需求的過程中，開發者要采取積極的合作態度，與開發者合作，挖掘企業的發展潛力。企業應盡量在需求調研階段就將企業管理中存在的問題表達出來，避免系統進入代碼編寫階段後需求被修改，延誤系統開發。企業ERP實施領導機構負責協調ERP實施過程中企業相關部門與開發人員的配合，保證開發人員能夠全面深入地對企業進行深入研究。
(3)進行技術研究。
明確系統開發思路，開發人員在進行系統需求分析的同時，組建技術研究團隊，開展技術研究，結合ERP系統開發的成功案例，以及技術發展的趨勢，選擇先進且不易過時的開發技術，如基於B/S結構的系統開發技術，逐步取代基於C/S結構的系統開發技術，同時為了便於系統的擴展和集成，可以采用組件技術。開發者可以選擇市場上成熟的開發平臺，根據企業的實際情況制定合理的系統開發思路，企業同時參與系統開發技術的學習，開發者對企業技術人員進行開發技術的培訓。
(4)建立系統開發信息共享和質量保證體系。
在ERP二次開發過程中建立系統開發信息共享系統，可以使企業和軟件開發人員實時交流信息，更有利於縮短二次開發流程，提高二次開發效率。
開發者的系統開發質量監督部門利用開發信息享受系統，按照國際標準監督系統開發，及時檢查系統開發進度，確保系統開發符合開發標準。
(5)實現系統同步測試。
分別在開發單位和企業建立系統測試環境，以保證系統開發的質量，避免系統移植的風險。開發人員選擇能夠實現系統實時發布的開發平臺，如IBM、公司的WEBSPHERE和開發平臺，可以實現系統開發和實現的同步，提高系統開發的效率。開發者將開發的功能模塊按時提供給企業，企業進行同步測試。同步測試數據要壹致，以便雙方及時發現問題，通過開發信息共享系統，實現系統測試信息共享、遠程技術支持和培訓。