生產企業出口退稅申報系統流程如下：
1.下載出口退稅網程序和生產企業出口退稅申報系統，
打開網站，輸入用戶名、密碼登錄。
登錄後，點擊左側的“下載專區”，首先在搜索框中輸入“1.51”搜索，出現“出口退稅網安裝程序1.51版”，右鍵選“使用網際快車下載”，下載此程序後進行安裝。
然後下載“生產企業出口退稅申報系統”，進行安裝（請盡量按默認路徑安裝）。
2.進行退稅申報系統的系統設置，
打開桌面上的“生產企業出口退稅申報系統7.0版”，用戶名輸入sa，密碼為空，確定。準備錄幾月份的出口數據，所屬期就輸入幾月份，例如當前月份200611。
新安裝的申報系統，首先要進行企業信息設置。點菜單“系統維護”-“系統配置”-“系統配置設置與修改”，點“修改”按鈕，必須修改的內容有：
企業代碼：納稅人識別號：退稅登記證號：退稅登記日期：納稅人類別：計稅計算方法：進料計算方法：所有企業該欄錄入“2”（購進法）。分類管理代碼：稅務機關代碼：稅務機關名稱等檢查無誤後，點“保存”按鈕。修改完畢，點“退出”按鈕，系統重新進入。
3.錄入退稅申報數據，
有進料加工業務的企業，備案當月，在退稅申報系統中，點“向導”第壹步“免抵退明細數據采集”-“進料加工手冊登記錄入”，點“增加”按鈕，錄完點“保存”按鈕。
料件進口當月，在退稅申報系統中，點“向導”第壹步“免抵退明細數據采集”-“進口料件明細申報錄入”，點“增加”按鈕，錄完點“保存”按鈕。
“向導”第壹步“免抵退明細數據采集”-“出口貨物明細申報錄入”，錄入申報期當期發生的且做帳務處理的所有出口明細。（無進料加工的企業從此步做起。）點“增加”按鈕，錄完點“保存”按鈕。
“向導”第壹步“免抵退明細數據采集”-“收齊出口單證明細錄入”，將前期單證不齊本期做收齊的處理。點“修改”按鈕，錄完點“保存”按鈕。
4.生成預申報數據，
5.網上預申報和查看預審反饋，
6.讀入預審反饋，生成明細申報數據，
7.錄入單證備案數據，
在申報系統中，點“基礎數據采集”-“企業經營情況”-“出口貨物單證備案目錄錄入”，點“增加”按鈕，根據相關單證的編號，錄入此批出口的單證備案數據。