生物信息工作者必備的國外重要的生物信息中心有EBI、EMBnet 、EMBL、NCBI。
數據庫是壹切生物信息學工作的出發點。大量數據庫集中在壹些國際或國家的生物信息中心。這些中心壹般還提供數據庫檢索服務、檢索工具和各種免費軟件。分別介紹壹批較為重要的國際和國內的生物信息中心和網點。所謂“重要”,當然是相對言。
有些學校或研究所的網頁包含某方面的有益信息,也就同真正的“中心”壹樣列入名單。在這樣的前提下,疏漏和偶然入選都在所難免。國際生物信息資源和數據庫的免費自由使用,是以從事非營利的教育和科學研究為前提的,請不要利用學術性的免費數據庫從事商業活動。
1、EBI,歐洲生物信息學研究所(European Bioinformatics Institute)網址?:)的壹個特別節點。EBI開展了多方面的生物信息服務和研究。
2、EMBnet,歐洲分子生物學信息網(European Molecular Biology Network)
網址:.org/
介紹:建立於1988年.作為壹個國際組織,它在荷蘭註冊。從1996年開始,EMBnet把成員國範圍擴大到歐洲以外,中國在同年加入。EMBnet的中國節點設在北京大學生物信息中心PKUCBI 。EMBnet有29個成員國(每國壹個節點)和10個特別節點。下表列舉了EMBnet部分節點的網址和所在單位,有些網頁的內容甚為豐富。
3、EMBL,歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory)網址:http://www.embl-heidelberg.de/Serviceshttp://www.embl-heidelberg.de/~seqanal
介紹:1974年由歐洲14個國家加上亞洲的以色列***同發起建立,現在由歐洲30個成員國政府支持組成,目的在於促進歐洲國家之間的合作來發展分子生物學的基礎研究和改進儀器設備、教育工作等。
EMBL分為7個部分:結構、分化、物理儀器、生化儀器、生物儀器、計算機和應用數學。它的宗旨是:從事結構分子生物學及分子醫學方面的基礎研究;為科學家、學生及訪問學者提供高層次的培訓;為成員國的科學家提供必需的科研服務;在生命科學領域開發新型的科研儀器及研究方法;積極參與生物技術的轉化及應用。其主實驗室設在德國海德堡。
EMBL除了位於德國海德堡(Heidelberg)的總部外在歐洲還有幾處分站:英國的茵格斯頓(Hinxton)分站、法國格勒諾布爾(Grenoble)分站、德國漢堡(Hamburg)分站和意大利蒙特羅頓多(Monterotondo)分站。其中,英國的生物信息學研究所EBI(European Bioinformatics Institute)於1982年建立了先進的核苷酸序列數據庫(EMBL-DNA)。
可進行核苷酸序列檢索及序列相似性查詢,該數據庫與美國的GenBank及日本的DDBJ***同組成全球性的國際DNA數據庫。近年來數據庫發展很快,數據量成倍遞增。由於具有開放和創新的良好學術氛圍,EMBL已發展成歐洲最重要和最核心的分子生物學基礎研究和教育培訓機構。
4、NCBI,美國國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information)網址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
介紹:它的前身是美國國家衛生署(National Institute of Health ,簡稱NIH)所屬的壹個研究所的計算生物學研究室,1988年獨立為NCBI,形式上屬於國家醫學圖書(National Library of Medicine,簡稱NLM)。NCBI管理著包括GenBank在內的壹批數據庫。
如:UniGene、RefSeq、dbSNP、COG、LocusLink、OMIM 和 MMDB等。它提供Entrez數據庫檢索工具、BLAST數據庫序列搜索等服務.關於NCBI數據庫和軟件資源的最近描述可參看:D. L. Wheeler?et al., Nucl. Acids Res.30(2002)13-16。