2.產業結構不夠合理。1978年以來，我國的產業結構有所變化，但這樣的結構，不僅低於高收入國家，而且也低於低收入國家和中等收入國家。現代服務業發展滯後，反映了第三產業內部存在結構低水平。這種低水平在第三產業內部表現為，生活性服務長期占主導，生產性服務業處於非主導地位。這表明金融保險、房地產、物流產業、科技開發、信息資源服務等現代服務業發展遲緩。現代服務業發展滯後，也反映了我國城鎮化發展滯後。
3.自主創新能力不強。我國自主創新能力不強，表現在許多方面。例如，我國科技進步對經濟增長的貢獻度只有24%，在世界50個主要國家中我國排行24位，排在印度和巴西之後；美國科技進步對經濟增長的貢獻度達60―70%。我國對外技術的依賴程度高於50%，美國、日本只有5%以下。事實深刻地告訴我們，提高自主創新能力，是增強國家經濟實力的關鍵。
4.經濟社會發展與資源環境的矛盾日益尖銳。我國是個人口大國、資源小國，這對矛盾將長期制約我國經濟社會的發展。我國是缺水的大國，人均擁有量僅占世界平均水平的1/4，全國600個城市有400個缺水，110個嚴重缺水。我國耕地只有世界人均耕地水平的40%。從1996年至2003年底的7年間，我國減少耕地達1億畝。此外，石油人均儲量只有世界人均儲量的8.3%，天然氣只有4.1%，銅是25.5%，鋁是9.7%。環境汙染和生態破壞日趨嚴重。
5.解決農業、農村和農民問題相當艱巨，是“重中之重”。我國人口近13億，農村人口占62.3%，農村中的赤字縣占35%，每縣平均負債約400多萬元，每村平均負債約20多萬元，全國貧困縣592個。近年來某些農村出現了不可忽視的“返貧”現象。十六大後黨中央鮮明地提出高度重視“三農”問題，對農民實行“多予、少取、放活”的方針。現在已經到了工業反哺農業、城市支持農村的時候了，2005年十六屆五中全會通過的“十壹五”規劃建議中明確提出建設社會主義新農村的重大歷史任務，今後五年到十年，中國農業、農村和農民將發生根本性的變化。
6.經濟發展與社會發展不協調的突出問題。構建和諧社會必須具備相應的物質基礎，然而，在經濟發展條件下，不能適時解決突出的社會發展問題，就會產生影響社會穩定和妨礙經濟發展的尖銳問題。近十多年來，黨和政府壹直高度重視突出問題的解決。但是，隨著社會轉型時期的激烈變動，產生的社會問題仍是層出不窮。當前最突出的經濟社會發展不協調問題是：就業不足、社會保障體系不完善和分配不順三大問題。較深層次的是教育、文化和醫療三大問題。
7.影響發展的體制機制問題亟待解決。經過十多年的努力，社會主義市場經濟體制初步建立起來，但是深層次的問題和矛盾仍未得到徹底解決，要完善社會主義市場經濟體制還要作長期的努力，當前全黨必須打好深化經濟體制改革的攻堅戰。