1.管理範圍不同:水務局的管理範圍比水利局大。因為水務局不僅有水利局的管理職能，還管理城市給排水工程建設。同壹地區成立了水務局，就不再有水利局了。
2.管理職能不同:上級機關依次是省水利廳和水利部。水體制改革後，部分城市將水利局改為水務局，根據城市管理的特點，強化了城市供排水的市政管理職能，但在農田水利建設方面並不那麽突出，因此更名為水務局。可以理解為水務局在原水利局的基礎上加強了涉水市政管理職能。
3.部門不同:水利局(水務局)是自來水公司(自來水公司)的上級部門，是自來水的領導部門！水務局是行政部門。至於自來水，是事業單位(企業化管理)。說白了，國家不撥款，靠自己收入，自己養活。
擴展數據:
水利局的職責
1.貫徹執行黨和國家以及市委、市政府有關水利水電的法律、法規和方針政策；起草地方性法規草案，起草政府規章和相關規範性文件並監督實施。
2 .擬定並組織實施全市水利政策、發展戰略和中長期規劃。
3 .統壹管理全市水資源(包括大氣水、地表水和地下水)。組織編制全市和跨區縣(自治縣、市)的水長期供求計劃和水量分配方案並監督實施；組織全市國民經濟總體規劃、城市規劃和其他重大建設項目的水資源和防洪論證工作；組織實施取水許可制度和水資源費？收集系統；發布全市水資源公報；分管全市水文工作。
4 .主管全市節約用水工作。擬定全市節約用水政策，制定節約用水計劃，制定相關標準，組織、指導和監督全市節約用水工作。
5 .根據國家資源和環境保護的有關法律、法規和標準，制定全市水資源保護規劃；組織水功能區的劃分和向飲用水水源地及其他水域排汙的控制；監測江河湖泊的水量和水質，核定水域納汙能力；提出了限制汙染物排放總量的建議。
6.組織和指導全市水行政監察和水行政執法工作；協調和仲裁部門和區縣(自治縣、市)之間的水事糾紛。
7.制定水利行業的經濟調節措施；對全市水利資金的使用進行宏觀調控；按照有關規定監管水利國有資產；指導全市水利行業的供水和多種經營；研究提出全市水利價格、稅收、信貸、金融等經濟調節意見。
8 .負責全市水利工程建設的行業管理。組織大中型水利基礎設施項目建議書和可行性研究報告的編制和審查；組織制定水利行業技術質量標準和水利工程規章、規範並監督實施。
9 .負責管理和保護全市水利設施、水域和岸線；組織和指導全市河道、湖泊、灘塗的管理和開發；組織大中型或跨區縣(自治縣、市)重要水利工程的建設和管理；組織和指導全市水庫、水電站大壩的安全監察工作；指導全市水利工程移民工作。
10.指導全市農村水利工作；組織協調農田水利基本建設和管理，指導鄉鎮供水和農村人畜飲水工作。
11.負責全市的水土保持工作。研究制定全市水土保持規劃並組織實施，組織全市水土流失監測和綜合防治。
12.負責全市水利科技、教育、對外經濟技術合作與交流；指導全市水利隊伍建設；指導行業安全生產工作；組織重大水利科學研究和技術推廣。
13.承擔市防汛抗旱指揮部的日常工作，組織、協調、監督和指導全市防汛抗旱工作，實施江河和重要水利水電工程的防汛抗旱調度。
14.在市政府電力綜合管理部門的統壹指導下，制定或參與制定水利行業水電和電網規劃並監督實施；組織實施農村水電電氣化建設；指導水利行業水電管理，監管水利電力行業國有資產。
15.承辦市政府交辦的其他工作。
二、下屬單位
灌溉部門
主要職責:
1，承擔氣象觀測、作物水分觀測和優化灌溉系統試驗；
2、負責指導全市水利工程的灌溉用水管理；
3、負責全市農田灌溉用水實驗；
4、負責全市農業灌溉計劃用水、節約用水、合理配水等業務指導；
5、負責全市農業灌溉科學研究和科技人員培訓；
6.承擔上級交辦的其他任務。
參考資料:
百度百科-水利局