1、消費者向當地稅務機關舉報；
2、被稽查納稅人上下遊的企業連帶查出問題；
3、系統比對，例如通過涉稅指標分析等方法比對。企業存在異常指標值會被列入風險企業名單，長期零申報或企業所得稅長期報虧損的企業是稅務局重點檢查對象。
稅務稽查指的是由稅務稽查部門依法組織實施的對納稅人、扣繳義務人履行納稅義務、扣繳義務的情況進行全面地、綜合檢查的行為。稅務稽查主要對象是對涉及偷、逃、抗、騙稅的大案要案進行檢查。
稅務局查公司偷稅漏稅的方式通常有：舉報，比如消費者在外就餐，向商家索要發票但商家以各種名目理由不予以開具，消費者向當地稅務機關舉報;查上下遊企業的時候連帶查出問題，比如現在稅務局大力度查殺虛開增值稅專用發票的企業，連帶就可以查到受票方;系統比對，這個目前是稅務局最常用的方式。
法律依據 ：
《中華人民***和國刑法》第二百零壹條
納稅人采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或者不申報，逃避繳納稅款數額較大並且占應納稅額百分之十以上的，處三年以下有期徒刑或者拘役，並處罰金；數額巨大並且占應納稅額百分之三十以上的，處三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。
扣繳義務人采取前款所列手段，不繳或者少繳已扣、已收稅款，數額較大的，依照前款的規定處罰。
對多次實施前兩款行為，未經處理的，按照累計數額計算。
有第壹款行為，經稅務機關依法下達追繳通知後，補繳應納稅款，繳納滯納金，已受行政處罰的，不予追究刑事責任；但是，五年內因逃避繳納稅款受過刑事處罰或者被稅務機關給予二次以上行政處罰的除外。