分支中心
根據中心法人授權，負責轄區內住房公積金歸集、提取和使用的具體管理，個人委托貸款的審批和發放，不良貸款的清理，與中心實行統壹規章制度，統壹核算；協助中心執法和監管。
檢查組
負責中央住房公積金業務的執法和監管；負責與中心相關的法律事務；負責受理中心業務範圍內的來信來訪。
辦公室
組織協調中心的日常管理工作；負責文電、會議、機要、文件、印章、保密等工作；承擔對外接待、中央財務和資產管理工作；負責辦理NPC和CPPCC的建議和提案。
人事教育辦公室
負責中央機構編制、人事勞動、醫療衛生、離退休職工管理和職稱評定工作；負責員工的績效考核、獎懲；負責中層幹部選拔、考核、任免管理，負責黨政領導幹部有關事項申報；配合相關部門做好業務知識、專業技術和相關法律法規培訓。
規劃和統計司
負責制定政策性住房資金歸集和使用計劃；編制目標責任指標；負責住房公積金等政策性住房保障資金的統計和業務指標等統計數據的分析；承擔管委會辦公室的日常事務。
收藏管理處
負責研究制定住房公積金歸集、提取相關政策，修訂完善住房公積金歸集、提取制度和管理辦法；負責對各分中心、分支機構住房公積金歸集和提取的指導和監督；負責全市公有住房出售收益的征收、使用、審批和核準。
貸款管理辦公室
負責研究制定個人住房公積金貸款相關政策，修訂完善個人住房公積金貸款制度和管理辦法；負責住房公積金貸款項目的審核和提交貸款評審委員會審議的項目，負責貸款項目備案和貸款資金使用的監督管理；負責對各分中心、分支機構個人住房公積金貸款的審查、發放、回收、逾期催收及抵質押物管理進行指導和監督；負責住房公積金個人貸款合作部的監督管理；負責歷史逾期住房公積金項目貸款的催收等工作。
節約儲金會計室
負責住房公積金的財務管理和會計核算，擬定財務管理和會計核算實施細則；負責對各分中心、分支機構住房公積金財務管理的指導和監督；按規定編制住房公積金年度財務報告，向管委會提供各種會計數據和方案；負責住房公積金的財務分析，執行住房公積金年度預算和決算；負責核實住房公積金年度結息情況；負責與支持銀行簽訂催收和委托貸款協議；根據管委會的決定，負責公積金增值收益的分配和管理。
住房基金會計室
負責房屋銷售、集資、維修資金、專項住房補貼等其他政策性住房資金的財務管理和核算；負責其增值收益的分配和管理；制定財務管理和會計核算的實施細則；負責編制其他政策性住房資金預算、決算、財務報表等工作。
信息技術司
負責信息化建設、運行和安全維護管理；負責制定信息化建設規劃；負責信息化建設的具體組織實施；負責制定信息管理制度並組織實施、指導和監督；負責中央門戶網站的維護和更新；負責信息培訓；負責與建設部監管系統聯網；負責與相關業務合作單位聯網。
事務管理部
負責中央房地產及其物業管理；負責中心的安全、保衛、消防等後勤服務；負責交通安全，中心車輛年檢，司機年檢；負責中心車輛的調配、使用、維護等工作。
政策研究室
負責組織政策性住房金融研究，提出本市住房公積金制度發展規劃；負責組織、協調和參與與住房公積金重大政策相關的政策文件和法規的起草、修訂、審議、解釋、批準和頒布；負責起草重要報告、文秘文稿及行政工作計劃和總結；負責新聞宣傳，編寫工作簡報、動態和大事記。
小型地方分行
根據中心法人的授權，負責決定本地區住房公積金的歸集、提取和使用，個人委托貸款的審批和發放以及不良貸款的清理；負責分支機構住房公積金的財務管理、檔案管理和信訪工作；協助中心執法和監管。