企業對被列入經營異常名錄有異議的，可以自公示之日起三十日內向作出決定的工商行政管理部門提出書面申請並提交相關證明材料。此外，企業對被列入經營異常名錄的決定，可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。
起訴流程如下：
1、當事人起訴，首先應提交起訴書，並按對方當事人人數提交相應份數的副本。當事人是公民的，應寫明雙方當事人的姓名、性別、年齡、籍貫、住址；當事人是單位的，應寫明單位名稱、地址、法定代表人或負責人姓名。起訴書正文應寫明請求事項和起訴事實、理由，尾部須署名或蓋公章。
2、根據誰主張誰舉證原則，原告向法院起訴應提交下列材料：
（1）原告主體資格的材料。如居民身份證、戶口本、護照、港澳同胞回鄉證、結婚證等證據的原件和復印件；企業單位作為原告的應提交營業執照、商業登記證明等材料的復印件；
（2）證明原告訴訟主張的證據。如合同、協議、債權文書（借條、欠條等）、收發貨憑證、往來信函等。
3、當事人向法院提交書證，應填寫壹式兩份證據清單，詳細列明提交證據的名稱、頁數。證據經法院承辦人核對後，由承辦人在證據清單上 簽字蓋章，壹份交當事人，壹份備案；
4、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之後，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續；對不符合立案條件的，依法裁定不予受理；
5、當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難，可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批準而仍不預交的，本院將裁定按自動撤訴處理；
6、立案手續後，案件由法院排期開庭，當事人應服從法院的各項工作安排，並於結案後到財務室結算訴訟費用，多退少補。
《中華人民***和國民事訴訟法》第二條 中華人民***和國民事訴訟法的任務，是保護當事人行使訴訟權利，保證人民法院查明事實，分清是非，正確適用法律，及時審理民事案件，確認民事權利義務關系，制裁民事違法行為，保護當事人的合法權益，教育公民自覺遵守法律，維護社會秩序、經濟秩序，保障社會主義建設事業順利進行。
第六條 民事案件的審判權由人民法院行使。
人民法院依照法律規定對民事案件獨立進行審判，不受行政機關、社會團體和個人的幹涉。
第十六條 民族自治地方的人民代表大會根據憲法和本法的原則，結合當地民族的具體情況，可以制定變通或者補充的規定。自治區的規定，報全國人民代表大會常務委員會批準。自治州、自治縣的規定，報省或者自治區的人民代表大會常務委員會批準，並報全國人民代表大會常務委員會備案。