(1)辦公室。
組織協調本局日常工作，協調本局公務活動；承辦文電、會議、機要、保密、計劃生育、檔案、監察、政府信息、政務公開等工作；組織起草和修改重要的綜合性材料；組織制定機關內部規章制度；負責建議、提案和重要批示的督辦；負責市政府部門工作責任制的目標考核；組織、指導和協調全市環境宣傳教育和溫瑞塘保護管理工作；指導和協調處理緊急和重大信訪事項；負責本局的財務工作；負責機關的行政後勤和安全工作。
(2)人事部門。
負責局機關及直屬單位的編制和人事管理；承擔直屬單位公務員和領導幹部的選拔任用和監督管理工作；帶頭建設環保系統人才隊伍；協助縣(市、區)組織部門管理環境保護行政主管部門領導幹部；負責組織環保系統員工的在職培訓和繼續教育；組織局黨組中心組的理論學習和服務工作；負責組織局機關、直屬單位和縣(市、區)環保部門的環境保護目標責任制考核；組織或評審環境保護行政獎勵的表彰；負責機關效能建設；負責局機關及直屬單位勞動工資管理工作；行政機關退休人員；管理和指導環境科技人員技術職稱的評聘工作；負責局機關工作人員和直屬單位班子成員出國政審。
(3)計劃財務部。
組織制定並監督實施市級環境保護規劃和環境功能區劃；根據總體規劃，會同有關部門制定溫瑞塘河保護和管理的詳細規劃和專項規劃；參與制定全市國民經濟和社會發展計劃；管理和審核各類計劃中與環境保護相關的內容；參與宏觀經濟形勢分析。負責編制並提出環境保護和溫瑞塘河財政資金安排的意見和計劃，會同有關部門共同管理市環境保護、溫瑞塘河保護和建設專項資金並監督實施；審查環保系統的收費項目和標準；組織環境保護專項資金的績效評估和內部審計；負責政府采購、部門預算和決算的監督管理；負責局機關系統國有資產的管理和監督。
(4)政策法規司。
監督和組織實施環境保護法律、法規和政策以及溫瑞塘河的保護、建設和管理；組織制定環境保護地方性法規和標準，並監督實施；負責環境保護政策研究和環境保護制度建設；組織、指導和監督環境管理和環境經濟政策的研究；參與重大環境保護問題的研究。參與處理重大環境違法行為；承辦環境行政處罰和行政復議案件；組織處理行政訴訟案件；組織和推進環境保護依法行政；負責環境保護行政執法監督和執法責任制；負責環境保護法律法規的教育和培訓；提供環境保護方面的法律咨詢；帶頭普法。
(5)自然生態保護部。
指導、協調和監督生態保護工作。組織編制生態保護規劃和生態功能區劃；協調和監督有關部門開展生態保護工作；監督自然資源的開發利用、重要生態環境的建設和對生態環境有影響的生態破壞的修復。指導、協調和監督農村環境保護，指導農村環境綜合整治和生態農業建設。指導、協調和監督自然保護區、風景名勝區和森林公園的環境保護工作，協調和監督生物多樣性、野生動物和濕地的環境保護工作，參與生物安全管理。提出審批新建市級自然保護區的建議；組織和指導生態示範創建工作；參與循環經濟發展；負責地方黨政領導班子環境保護績效評價。承擔生態城建設領導小組辦公室的日常工作。
(6)汙染防治部門。
負責水、空氣、噪聲、燈光、機動車等汙染防治的監督管理。組織制定汙染防治的制度和規範，並監督實施；負責全市重點區域、流域和行業的汙染防治；組織和指導城市環境綜合整治；負責實施城市環境綜合整治量化考核；組織創建省級和國家級環境保護模範城市；組織實施企業環境行為信用等級評價制度，發布企業環境信用信息；組織創建市級綠色企業，負責綠色系列(信貸、保險、證券、采購等)的實施。)相關制度；組織企業強制性清潔生產審核。組織實施與汙染防治有關的環境和經濟政策；組織實施跨行政區域河流水質評價和管理等環境管理制度；監督管理飲用水源的環境保護；指導、協調和監督海洋環境保護，監督管理海岸工程、陸源汙染、船舶拆解等海洋環境汙染防治。
(7)汙染物排放總量控制辦公室。
承擔落實國家、省、市減排目標的責任。制定並監督實施主要汙染物排放總量控制、排汙許可證和環境統計制度和規範；組織編制和實施主要汙染物總量控制計劃；檢查督促各地各部門落實汙染物排放總量控制、主要汙染物減排和減排項目運行情況；組織實施汙染減排責任制考核；組織指導排汙權有償使用和交易試點工作；負責環境統計和汙染源調查；組織編制和發布年度環境統計報告和統計報表。承擔市節能減排領導小組汙染減排辦公室的日常工作。
(8)唐河管理處。
組織制定溫瑞塘河保護、建設和管理的中長期規劃和年度計劃並監督實施；負責組織實施溫瑞塘河流域各區(市)和功能區河道建設、保護、管理責任制和工作績效綜合評價；協調督促相關涉河執法單位做好溫瑞塘河執法管理工作；指導溫瑞塘河的清理工作；協助監測溫瑞塘河水質；承擔市溫瑞塘河綜合整治工作委員會辦公室的日常工作。
(9)行政審批部門。
負責指導全市環保部門的行政審批工作。負責環境準入，從源頭上防治環境汙染和生態破壞。組織制定建設項目管理制度和規範並組織實施；負責組織規劃環境影響評價和政策環境影響評價的審查；負責環境影響評價單位的資質審查和管理。指導開發區和工業園區的生態建設和改造。負責建設項目環境影響評價文件審批、建設項目試生產、建設項目環保“三同時”驗收、危險廢物經營許可證(醫療廢物)、可用作原料的固體廢物限制進口申請、危險廢物經營許可證、危險廢物交換轉移、排汙許可證申請、汙染防治設施拆除閑置等工作。負責環境影響後評價和區域審批限制制度的實施；負責ISO14000環境符合性審查、環境標誌等認證、環境清單核查、環境汙染治理設施運營資質單位年度預評估、環境汙染治理設施運營資質前置審批等非行政許可事項。
(10)輻射環境管理處。
監督管理核技術應用、電磁電離輻射和伴生放射性礦產資源開發利用中的汙染防治工作。制定輻射環境保護的規劃、制度和規範，並監督實施；指導和協調輻射環境質量監測和重點輻射源監督監測工作；承擔放射性廢物的管理工作；監督管理從事放射性同位素和射線裝置生產、使用、銷售單位的輻射安全工作；組織制定和實施輻射事故應急預案；參與防範和處置核與輻射恐怖事件。
(11)建設與科技司。
負責溫瑞塘河建設項目的綜合協調、監督和檢查；參與監督溫瑞塘河建設項目的工程質量和安全；指導和監督溫瑞塘河保護區範圍內重要建設項目的設計、監理、招標等技術管理工作；參與溫瑞塘河自然保護區範圍內建設項目審批的前期工作；提出溫瑞塘河保護區建設項目的審查意見並參與驗收；組織和指導溫瑞塘河文化的研究、建設和管理。
負責環境保護科技進步，組織制定環境保護科技發展規劃並監督實施；推進環境技術管理體系建設；組織溫瑞塘河環境保護和綜合治理的科學技術研究和技術工程示範；組織溫瑞塘河環境保護和綜合整治相關的科學研究和技術推廣；參與組織和指導環境保護科技人才隊伍建設；引導和促進環保產業發展；開展環境保護國際技術合作與交流。
機關黨委。負責局機關及直屬單位的黨群工作。