在物流信息系統的設計中，可以利用“自頂向下”的原理，將系統分解成若幹個子系統，然後對這些子系統進行逐級分解和優化，使其結構清晰、功能明確、易於實現。簡單來說，物流信息系統壹般由以下子系統組成，每個子系統都有自己獨特的功能:
管理子系統:提供與具體業務無關，但系統需要的功能；
采購子系統:提供原材料采購信息的功能；
倉庫管理系統:使用倉庫管理系統管理倉儲業務的接收、發送、分揀、放置、補充和分配。
發送等。，同時倉庫管理系統可以進行庫存分析和財務系統集成；
庫存子系統:提供庫存管理信息的功能；
生產子系統:提供生產產品信息的功能；
銷售子系統:提供產品銷售信息的功能；
配送子系統:指根據貨物的配送類型分類後，根據貨物的重量、體積等各種因素擬定的調度計劃、容積裝載計劃、配送行程計劃等操作系統；
運輸子系統:提供產品運輸信息的功能；
財務子系統:提供財務管理信息的功能；
決策支持子系統:使物流信息系統更上壹層樓。