盡管物流系統是企業經營管理系統的壹部分，物流信息系統與企業其他的管理信息系統在基本面上沒有太大的區別，如集成化加模塊化、網絡化加智能化的特征，但物流活動本身具有的時空上的特點決定了物流信息系統具有自身獨特的特征。
（壹）跨地域聯接
在物流活動中，由於訂貨方和接受訂貨方壹般不再同壹場所，如處理訂貨信息的營業部門和承擔貨物出庫的倉庫壹般在地理上是分離的，發貨人和收貨人不在同壹個區域等，這種在場所上相分離的企業或人之間的信息傳送需要借助於數據通訊手段來完成。在假期傳統的物流系統中，信息需要使用信函、電話、傳真等傳統手段實現傳遞，隨著信息技術進步，利用現代電子數據交換技術可以實現異地間數據的實時、無縫的傳遞和處理。
（二）跨企業聯接
物流信息系統不僅涉及企業內部的生產、銷售、運輸、倉儲等部門，而且與供應商、業務委托企業、送貨對象、銷售客戶等交易對象以及在物流活動上發生業務關系的倉儲企業、運輸企業和貨代企業等眾多的獨立企業之間有著密切關系，物流信息系統可以將這些企業內外的相關信息實現資源***享。
（三）信息的實時傳送和處理
物流信息系統壹方面需要快速地將搜集到的大量形式各異的信息進行查詢、分類、計算、儲存，使之有序化、系統化、規範化，成為能綜合反映某壹特征的真實、可靠、適用而有使用價值的信息；另壹方面，物流現場作業需要從物流信息系統獲取信息，用以指導作業活動，即只有實時的信息傳遞，使信息系統和作業系統緊密結合，克服傳統借助打印的紙質載體信息作業的低效作業模式。