新疆維吾爾自治區中小企業服務中心以促進中小企業的制度、管理和技術創新為宗旨，通過整合社會資源為全區中小企業提供多品種、全方位、高層次的綜合服務，以此推動我區中小企業通過建立現代企業制度和不斷改革創新，提升管理及產品技術水平，從而提高企業的競爭能力和綜合實力。新疆維吾爾自治區中小企業服務中心主要職能如下：
1、貫徹落實國家和自治區扶持中小企業發展的方針政策，研究區域中小企業服務體系發展規劃。向政府有關部門反饋各類中小企業經營、發展中的動態信息，為政府部門及時制定經濟調控措施提供依據。
2、為中小企業的創業和發展直接提供創業輔導、管理咨詢、人才培訓、投融資顧問、技術創新和技術引進、信息化、區內外及國際合作等綜合服務。
3、維護中小企業的合法權益，協調解決中小企業在發展過程中所遇到的問題和困難，並對有發展潛力和特色的創業項目及成長性較好的中小企業給予金融、法律、政策信息等多方面的扶持和引導。
4、在政府主管部門的指導下，協調和引導各類社會中介組織為中小企業提供社會化綜合服務，以提升和改善新疆中小企業管理和技術水平，提高企業的核心競爭力；同時，協助政府部門規範社會中介機構的服務行為，建立起對社會中介機構為中小企業提供服務的監督和評價體系。
5、與國內外企業服務和金融機構合作，通過市場化運作，面向企業開展技術創新項目融資擔保和相關咨詢、策劃業務，促進新疆中小企業技術進步。
6、建立中小企業信息服務平臺，管理新疆中小企業信息網，完善新疆中小企業的三個數據庫（基礎資料庫、新產品與新技術庫、專業人才和社會中介服務機構庫），為我區中小企業架起溝通政府部門、服務機構之間的“網上橋梁”。
7、負責新疆中小企業協會的建設和管理，承擔協會秘書處的日常事務，為中小企業和企業家搭建交流與合作平臺。
8、通過發行有關中小企業服務刊物和宣傳資料，宣傳國家方針、政策和法律、法規；通報產業發展和經濟運行動態；介紹我區中小企業的成功案例和特色產品；向政府有關部門反映中小企業的呼聲，並提出工作建議。