醫療保險管理信息系統主要包含數據處理功能及管理功能兩部分。
壹、數據處理功能。指對醫療保險管理過程中的原始數據進行收集傳遞、加工、貯存及輸出，以提供應用和查詢。
1．數據收集功能：是對原始數據的收集，也就是把不同時間和不同管理層次上分散的原始數據集中起來，並通過設備將原始數據輸入計算機。數據收集是整個數據處理的基礎，其工作質量是HIMIS能否正確發揮作用的關鍵。
2．數據傳遞功能：是將數據或信息從壹個子系統向另壹個子系統、以及在不同管理層間的傳送。數據傳送速度和準確度是系統的重要功能。
3．數據存儲功能：是將原始數據及加工後所得的各種信息存儲起來，供以後使用。在這裏不但要註意存儲數據或信息的介質，還要註意其存儲的組織方式（例如邏輯關系）等問題，這樣才能有效地提高HIMIS的工作效率及安全性。
4．數據加工功能：對進入HIMIS中的各種數據進行分類、合並、匯總、統計計算，從而產生滿足不同管理層次需要的有用信息。對數據加工處理是HIMIS的核心功能，系統的加工處理水平越高，越能滿足不同管理層次對信息的需求。計算技術水平的提高、數學模型及計算方法的發展，使HIMIS大大提高了數據加工處理能力。
5．輸出信息功能：HIMIS根據用戶的不同需要，以不同形式將信息提供給用戶。輸出信息是否易讀易懂，直觀醒目，會直接影響到HIMIS的使用效果和功能的擴展。
二、管理功能。指用來管理醫療保險業務過程的活動，表現在以下幾個方面。
1．控制功能：對醫療保險管理中每壹個過程、環節及具體工作的運行情況進行監測、檢查，比較計劃與執行的偏差，根據比較分析結果對管理工作進行控制，以達到預期的目的。
2．預測功能：根據過去的數據，運用各種數學方法及模型，預測將來醫療保險參保人健康及保金籌集和支付等情況。
3．決策功能：對醫療保險不同管理層次提供不同內容的報告，運用數學模型等方法提出各種決策方案，協助管理層做出醫療保險管理組織的決策、規劃和管理辦法。