作廢增值稅專用發票有關註意事項：
1、如果銷貨方當月開出的專用發票，購買方要求退回重開，銷貨方必須收到購買方退回的“發票聯”、“抵扣聯”，並且確認退回的專用發票未認證，方可作廢重開；如果購貨方當月已將發票認證，並且認證信息已無法刪除，銷貨方壹律不得將退回的發票作廢重開，可以在以後月份開具負數發票。
2、如果購買方在認證當天（包括網上認證企業）發現有取得的屬作廢發票，必須在認證當天下班前及時通知主管稅務機關在認證系統中刪除已認證信息，隔天後無法刪除已認證信息；如果購買方已認證的抵扣發票屬作廢發票，在次月納稅申報時應作進項稅轉出。（註：購買方將“發票聯”、“抵扣聯”退回銷貨方前，應先取得銷貨方出具的情況說明，並留存壹份復印件。）
3、在每月月底前，企業應對本月防偽稅控開票情況進行仔細核對，檢查開票系統有無“誤作廢發票”或“漏作廢發票”等情況，確保企業當月開票數據（開票份數、開票金額）正確無誤；銷貨方在當月發現專用發票開票系統內有“誤作廢發票”、“重復開票”等情況，應立即（必須在當月月底前）將情況告知購買方，購買方不得認證抵扣。
銷貨企業開具負數專用發票規定：
1、無法認證跨月退票重開：購貨方在未作帳務處理的情況下，由購貨方主管稅務機關在專用發票抵扣聯上加蓋“無法認證”專用章，並且銷貨方在收齊購貨單位退回的專用發票“發票聯”和“抵扣聯”後，方可開具負數發票，退回的專用發票“發票聯”“抵扣聯”粘貼在負數發票後面。
2、填開錯誤跨月紅沖、超期認證退票重開、購銷雙方有異議（如：供貨價格、銷售數量調整等原因）跨月退票重開：購貨方在末作帳務處理並且發票未認證的情況下，由購貨單位主管稅務機關在專用發票抵扣聯上加蓋“發票末認證”專用章，並且銷貨方在收齊購貨單位退回的專用發票“發票聯”和“抵扣聯”後，方可開具負數發票，退回的專用發票“發票聯”“抵扣聯”粘貼在負數發票後面。購買方在已作賬務處理並且“抵扣聯”發票上月已認證的情況下，必須取得當地主管稅務機關開具的《開具銷項負數增值稅專用發票證明單》（目前暫以退貨折讓證明單代替使用）送交銷售方，作為銷售方開具負數專用發票的合法依據，同時扣減當期進項稅額；銷售方在收到購買方提供的證明單後，開具銷項負數發票，同時將證明單粘貼在銷項負數發票的記賬聯上。
3、購買方已作帳務處理，發票聯、抵扣聯無法退還的情況下開具負數發票：銷貨方必須取得購貨方主管稅務機關出具的“進貨退出或索取折讓證明單”或“開具銷項負數增值稅專用發票證明單”，銷貨單位方可開具負數發票，“證明單”粘貼在負數發後面，同時銷貨單位將開具的負數發票“發票聯”“抵扣聯”交原購貨單位，作為購貨單位扣減進項稅額的憑證。