學院設立了理事會和學術委員會，實行理事會領導下的院長負責制。理事會作為決策機構，負責重大問題的決策，成員來自國家信息管理部門、北京大學、國家有關部委、地方政府、國際組織、教育科研機構和企業。首屆理事會由來自全國人大資源環境委員會、國務院信息工作辦公室、國家發展和改革委員會、國務院辦公廳、科學技術部、國防科學技術工業委員會/國家航天局、水利部、中國科學院、信息產業部信息化推進司、 人事部專業技術人員管理司、國務院三峽辦移民規劃司、建設部科技司、新聞出版總署新聞出版司。 國土資源部信息中心領導，新疆生產建設兵團、四川省德陽市人民政府、廣東省信息產業廳、上海市信息工作辦公室、北京市信息資源管理中心等地方政府和部門領導，北京大學科技園、世界華人協會、香港世華集團、神州數碼IT服務集團、思科系統(中國)網絡公司、中國伽利略衛星導航公司、聯合國糧農組織、亞太經濟與社會等企業領導。學術委員會是研究所的學術領導機構，負責審議研究所的主要研究方向，決定重大學術問題。學術委員會由相關領域的院士、國內外知名專家學者組成。
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