1，由於企業硬盤損壞等原因，專用發票存根聯在軟盤中的份數少於IC卡；
2.由於企業更換金稅卡，軟盤中的專用發票存根數量大於IC卡中的專用發票存根數量；
3.IC卡內專用發票存根數據因企業電腦型號不匹配為零；
4、稅務機關因企業軟盤質量問題導致無法采集專用發票存根數據。
根據《增值稅專用發票數據采集管理規定》:
第四條使用DOS開票子系統的企業通過報稅子系統提交的軟盤和IC卡數據不壹致的，稅務機關應區別不同情況進行處理:
(1)因企業硬盤損壞導致軟盤中專用發票存根聯數量小於IC卡中專用發票存根聯數量的，必須要求企業提供當月所有專用發票存根聯(或其他聯，下同)，通過認證子系統掃描補充，通過納稅申報子系統中的“非常規納稅申報/存根補充”進行采集。
(二)如因企業更換金稅卡導致軟盤中的專用發票存根聯數量大於IC卡中的專用發票存根聯數量(不包括IC卡為零的情況)，可通過“非常規納稅申報表/軟盤補充報告”收集軟盤中包含的專用發票存根聯明細數據，但必須在當月查明這種不壹致的原因並采取措施解決。
(3)如因企業電腦型號不匹配導致IC卡內專用發票存根數據為零，根據系統提示，將軟盤數據存儲在報稅子系統或要求企業通過認證子系統將專用發票存根送稅務征收機關掃描補錄，並通過報稅子系統中的“非常規報稅/存根補錄補報”進行采集。
(4)因企業軟盤質量問題導致稅務機關無法采集專用發票存根數據的，必須要求企業補辦軟盤。
擴展數據:
根據《增值稅專用發票數據采集管理規定》，增值稅發票開票系統的數據在存儲到納稅申報子系統之前，必須與實際納稅申報壹致:
第三條征收機關通過報稅子系統對使用DOS開票子系統的企業提交的軟盤數據和IC卡數據進行核對；檢查企業使用Windows版本提交的IC卡中的明細數據和匯總數據，如果壹致，則存儲在報稅子系統中。
參考資料:
百度百科——增值稅專用發票數據采集管理規定