第壹個層次，便是涉及國家秘密、商業秘密和個人隱私的信息屬於不予公開的範圍。這是國際上的通行做法。從制度設計的完整性、和諧性來說，政府信息公開制度應當與國家秘密保護、個人隱私保護和商業秘密保護三方面的立法相協調、同步。
如美國在20世紀60年代以後，既制定了《信息自由法》，規範政府的信息公開行為，又制定了《隱私權法》和《貿易秘密法》，明確政府在公開信息時，不得不正當地侵犯個人的隱私權和企業的商業利益。
日本在《日本行政機關擁有信息公開法》之外有《行政機關擁有個人信息保護法》，明確在政府信息公開時，對個人信息的公開僅限於兩種情形：壹種是公開後對個人不造成不利影響的信息，如獲得榮譽稱號、受到表彰等；另壹種是不公開對公***利益會造成危害的信息。
但中國的立法現狀，顯然還未實現完整性與和諧性：
壹是已有計劃但還未制定出臺《個人信息保護法》；
二是尚無制定《商業秘密保護法》的立法計劃；
三是政府信息公開還只是行政法規，未上升為法律，與其他幾部法律之間的法律位階不對等，影響其法的效力。
我國實踐中，上述不予公開的例外情形還遇到下列實施難點：
壹是國家秘密與工作秘密的關系。因為國家秘密在《國家秘密保護法》中有明確界定，而在地方工作中，還涉及不屬於國家秘密但屬於工作秘密的情形，是否也適用政府信息公開的例外情形，沒有明確規定。在《條例》制定過程中，曾考慮明確工作秘密也列為不予公開的範圍，但又擔心在實踐中會被濫用，最後未作表述，讓地方參照國家秘密執行，具體操作難免法律風險。
二是商業秘密的界定問題。因為商業秘密的界定主要依據《反不正當競爭法》裏的表述：“不為公眾所知悉、能為權利人帶來經濟利益、具有實用性並經權利人采取保密措施的技術信息和經營信息”，這屬於經濟法調整範疇，已超出了行政法的範疇，不少行政機關認為超出了其業務能力，客觀上影響了該不予公開情形的實施。
三是個人隱私的界定問題。個人隱私更是個民法概念，也超出了行政法的範疇，行政機關普遍認為，由其來認定個人隱私，不僅超出了其能力範疇，且法律風險很大。
根據上海市行政法制研究所編寫的《通往法治政府之路（2010—2012年研究報告集）》，2012年的壹項調查顯示，有30.7%的被調查政府信息公開工作機構的人員認為，個人隱私、商業秘密缺乏明確的界定標準，導致應由誰來認定及如何認定難以把握，是工作中遇到的主要困惑。
對此，筆者認為，可以借鑒日本和英美等國政府信息公開中的做法，即不以商業秘密和個人隱私為不予公開的標準，而是對可能涉及商業秘密、可能涉及個人隱私的信息都列入不予公開的範圍。
日本《行政機關擁有信息公開法》將個人信息、團體信息列入不公開信息的範圍，朱芒教授研究指出，“與個人相關的信息”涉及的範圍十分廣泛，可包括個人的思想、信念、身份、地位、健康狀況以及其他壹切與該個人有關的信息。美國《信息自由法》中豁免公開的信息包括“個人信息、醫療信息與類似的信息”，個人信息與醫療信息的含義比較清晰，但“類似的信息”含義較為模糊。
1982年之前，對“類似的信息”的解釋比較狹窄。在1982年“美國國務院訴《華盛頓郵報》”壹案中，聯邦最高法院采取從寬解釋，認為所有“適用於特定個人”的信息都適用於本類例外。英國《信息公開法》也將“與個人信息有關的信息”列入不公開的範圍。
筆者因此建議，立法修改時，將政府信息不予公開的情形，表述為：
“ 屬於商業秘密或者可能不當影響其市場競爭力的其他財務信息、商業信息；屬於個人隱私或者可能涉及個人隱私而信息主體不願公開的政府信息，避免因需要對商業秘密和個人隱私作出認定而帶來的實施難題。
第二個層次，有兩種情形是國際上普遍列入不公開的範圍，而我國卻沒有排除的：壹是正在形成、研究中的過程性政府信息；二是公開可能影響執法和司法公正的政府信息。
上海市於2004年頒布實施的《上海市政府信息公開規定》是將上述兩種情形列為免於公開情形的。這是在研究借鑒國際上普遍做法的基礎上確定的。
如日本《行政機關擁有信息公開法》把“國家機關和地方公***團體內部或相互之間有關審議、討論或協議的信息”作為不予公開情形，因為“公開可能對坦率的意見交換、意思決定的中立性造成不當損害、可能產生國民間的混亂、可能不當地給予特定的人利益或不利益。”
英國的《信息自由法》規定了25種不予公開的信息，其中涉及過程性信息內容的有三類：損害大不列顛聯合王國內部關系的信息，與政府政策的制定有關的信息，與國王、王室成員及其家族的通信有關的信息。
美國《信息自由法》規定，在行政機關作為壹方當事人的訴訟中，不得向非行政機關當事人公開機關之間或機關內部的備忘錄或信件。該規定中包含著討論程序特權的內容，行政機關可以依法享有不公開的豁免特權。
事實上，過程性信息的公開在我國實踐中的爭議很大，產生的爭議案件也最多。在《條例》實施後，面對的訴訟案，首先就是這類過程性信息公開的爭議，《條例》實施後的全國第壹案就是過程性信息的公開問題。
最後，為解決實踐中面臨的困境，國務院辦公廳於2010年11月發布了《國務院辦公廳關於做好政府信息依申請公開工作的意見》（國辦發[2010]5號），其中明確：行政機關“處於討論、研究或者審查中的過程性信息，壹般不屬於《條例》所指應公開的政府信息”。與行政機關內部人事、財務管理信息相類似，為實踐中解決這類難題提供了依據。
其實，將過程性信息認定為不屬於政府信息的範疇，在法理上仍是值得探討的，應當以認定其是政府信息，但屬於不予公開範圍為宜。筆者所要提出的相關立法建議是，
“ 在修訂《條例》或者將《條例》上升為法律時，應當將國際上普遍列為免予公開的兩種情形：過程性信息和公開可能影響執法和司法公正的政府信息，也和國家秘密、商業秘密、個人隱私壹樣列為不予公開的範圍。
第三個層次，屬於我國特有的政府信息不予公開的兩種情形，即“三安全壹穩定”和“三需要”。
關於“三安全壹穩定”即《條例》第8條規定：“行政機關公開政府信息，不得危及國家安全、公***安全、經濟安全和社會穩定。”此條款從壹開始就產生爭議。
爭議之壹是該條款的自由裁量權太大，缺乏有效的制約。當年上海邀請德國壹位參與起草德國政府信息公開法的議員來作學術交流，其在研究了我國的《條例》後，提出的第壹個問題就是《條例》第8條關於“三安全壹穩定”的規定過於放權，難以約束。對此，上海在制定實施性政府規章時，增設了程序約束，即公開部門認為屬於“三安全壹穩定”的情形，決定不予公開的，要向上級行政部門報告，以便上級部門進行審核把關，對認定錯誤的予以糾正。
爭議之二是該條款能否直接執行？在《條例》實施之初，許多地方的人大、法院以及法學專家都認為此條款不能直接引用和執行；理由是，其安排在總則部分，按照立法常理，總則部分壹般不直接作為執法依據引用，若需要執行的話，應當在後面的分則部分明確條件和禁止行為。
為此，國務院在有關解釋中專門明確此條可以直接作為執行的依據。從立法本意來看，此條就是為了解決以往行政管理或行政執法中因為不夠規範而讓相對人糾纏於歷史遺留問題不放的現象。所以，從本質上來說，本條是“法不溯及既往”原則的另壹種表達。