制藥工程專業主要就業領域包括:藥物的創新研究和新產品開發；國內外制藥新技術的轉化、國產化和產業化；產品的技術改造、工藝研究和質量控制；報考生物技術、藥學及相關專業的研究生。
1.R&D人員——在藥廠、高校、科研院所的研究部門從事藥物研發工作；
2.生產技術人員——在藥廠從事藥品生產和技術工作；
3.質量檢驗檢測人員——在藥廠、食品廠、藥檢所從事食品、藥品質量檢驗檢測工作；
4.管理人員——在藥廠，從事藥品生產技術管理工作；
5.營銷人員——在藥廠、醫藥營銷公司從事藥品營銷和內勤工作；
6.藥師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作；在藥店和醫藥營銷公司從事用藥指導和咨詢工作；
7.藥品檢驗人員——在藥檢所從事藥品質量鑒定和相應質量標準的制定；
8.公司員工——在醫藥貿易公司或醫藥企業從事藥品流通和國內外貿易。
9藥品監督員——公務員，在國家、省、市、縣藥監局從事食品藥品質量監管工作；
10.創建自己的公司。