1.提前備案:跨境貿易電子商務貨物出口前，電子商務平臺、電子商務企業、支付企業、物流企業需要在海關企業管理系統進行備案。電商平臺需要在跨境通關平臺上記錄預售的商品。
線上申報:消費者在線下單後，電商平臺、支付企業、物流企業分別將電子訂單、支付憑證、物流運單的電子數據發送至跨境通關平臺。
2.電子商務企業將零售貨物交付至海關監管區域後，電子商務企業或報關代理人向跨境通關平臺申報出境清單。
3.跨境通關平臺將出境清單與電子訂單、支付憑證、物流運單、商品備案信息進行比對。如果退出列表比對成功，則自動得出結論，如果不成功，則轉入人工審核。
4.便捷通關:審批通過後，跨境通關平臺將數據發送至快件現場分揀設備進行實物驗證。
5.快速驗放:工作人員可以通過快件現場分揀設備快速驗放出口商品。對於不需要拆包的商品，在“同屏對比”無誤後直接放行；對於需要開箱檢驗的貨物，會進行人工檢驗。
6.匯總申報:在匯總申報期間，電商企業匯總已放行但未匯總的出境貨物清單，跨境通關平臺根據業務規則合並生成正式出口報關單，通過電子口岸向海關申報，海關自動審核通關。企業憑報關單向有關部門辦理結匯和退稅手續。
第三方支付的跨境電商出口流程可以通過以下流程更直觀的了解。貨物從國內倉庫到達機場口岸海關監管區，材料審核通過後放行。它們通過空運或海運到達海外倉庫，最後通過包裹送達消費者手中。出口的過程比進口相對簡單。、