1982年2月改名為中國農科院上海家畜血吸蟲病研究所，1988年組建了藥化研究室，1989年7月更名為中國農科院上海家畜寄生蟲病研究所。1996年11月和2000年1月先後在研究所的基礎上組建了農業部動物寄生蟲學重點開放實驗室和上海動物生物技術研究中心，主要研究方向從建所初期單壹的動物血吸蟲病防治研究拓展到畜禽寄生蟲病防治、創新獸藥和動物生物技術研究。在原先以動物血吸蟲病流行病學、診斷、治療為主的研究領域基礎上，拓展了免疫學、病原分子生物學、動物藥學、病原功能基因組學與蛋白質組學、生物信息學、動物疫病防治、獸醫公***衛生、動物營養等新的研究領域。2004年在所的基礎上組建了國家防治動物血吸蟲病專業實驗室和動物傳染病防治研究室。2004年11月20日，中國農科院專門召開會議討論確定研究所的學科建設重點：以血吸蟲病等重要人、畜***患寄生蟲病和嚴重危害畜牧業生產的畜、禽寄生蟲病的防治研究為優勢、特色、亮點學科，以創新獸藥和動物生物技術應用研究為重點建設學科，以動物醫學研究中心組建為契機，積極拓展動物疫病防治研究和獸醫公***衛生研究領域，幾個學科相輔相成，協調發展，形成具有整體優勢的動物醫學學科群。
。同時聘請11名造詣精深的國內外寄生蟲學、預防獸醫學、基因工程學、蛋白質工程院士、專家做研究所的客座研究員。研究所現設有國家防治動物血吸蟲病專業實驗室、農業部動物寄生蟲學重點開放實驗室、動物寄生蟲病防治研究室、動物藥學研究室、上海動物生物技術研究中心、動物傳染病防治研究室等6個研究室（中心）、及清潔級實驗動物房、大家畜試驗場、科技培訓部等配套設施。