協助部領導綜合協調部政務、業務等相關工作，組織部日常工作。負責部門領導和總工程師、總規劃師的秘書工作。負責公文處理、政府信息、政務公開、檔案、保密、保密、密碼、信訪、督查等工作，並指導水利系統相關工作。負責組織部召開的全國性綜合會議、部務會議和部務辦公會議，負責部機關行政會議的規劃和管理。組織宣傳、新聞發布和輿情分析，指導水利系統宣傳工作。組織政府信息化規劃和建設，組織部網站和政府內網的建設、運行管理和內容保障。組織起草部綜合性重要政務文稿，組織重大水利問題調研。負責部機關值班工作、組織部重要接待工作、部機關印章管理、部直屬單位印章管理。組織協調全國人大代表建議和全國政協提案的辦理工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★策劃部
組織制定國家水利發展戰略和中長期發展規劃，組織開展水利發展和改革重大專題研究。組織編制全國水資源綜合規劃、流域綜合規劃和國家確定的重要江河湖泊防洪規劃，制定全國和各省(自治區、直轄市)水資源長期供需規劃，歸口管理水利專業和專項規劃的編制和審批。組織指導防洪論證工作，負責重大建設項目洪水影響評價和水工程建設規劃同意制度的組織實施。負責中央審批(核準)的大中型水利工程移民規劃綱要的審批和移民規劃的審核。組織審批國家重點水利建設項目和部直屬基礎設施建設項目的項目建議書、可行性研究報告和初步設計，指導河口和沿海灘塗的管理和開發。對中央水利建設投資(含專項資金)的規模、方向和項目安排提出意見，提出中央水利建設年度投資建議計劃，審批國家計劃和年度計劃規模內的水利建設投資項目，負責中央水利基本建設投資、部直屬基礎建設項目投資計劃管理和水利前期工作投資計劃管理。組織水利規劃中期評估，指導水利建設項目後評估，負責水利統計工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★政策法規司
制定水利立法規劃和年度立法計劃並組織實施。組織起草綜合性水利法律、行政法規和部門規章，指導起草專項水利法律、行政法規和部門規章，承擔水利法律、行政法規的協調、審查和審議工作。指導流域管理機構和地方水利立法。負責水利法律、行政法規適用的答復和部規章的解釋、備案、清理工作，承擔法律、行政法規和規章的征求意見答復和立法協調工作。負責立法後評估。組織對水利法律和水行政法規、規章實施情況的監督檢查，參與中央有關部門牽頭的水利法律、行政法規執法檢查。指導水利系統法制宣傳教育，制定水利普法規劃和年度計劃並組織實施，承擔水利部普法辦公室的日常工作。擬訂水利政策研究和體系建設規劃及年度計劃並組織實施，研究擬訂綜合水利政策，擬訂水權體系建設的行政法規、規章和規範性文件。組織協調水利系統依法行政工作，指導水利行政許可和行政審批工作，並進行監督檢查。負責部規範性文件清理，承擔部規範性文件合法性審核和流域管理機構規範性文件備案管理，承擔部行政復議、行政賠償和訴訟工作。組織和指導水行政監察和水行政執法工作。協調仲裁跨省(自治區、直轄市)水事糾紛，組織查處重大水事違法行為。承辦部門領導交辦的其他事項。
★水利部
水利部(國家節約用水辦公室)。負責水資源的管理、調配、節約和保護，承擔全國節約用水辦公室的日常工作。組織和指導水資源調查、評價和監測，組織編制水資源專業規劃並監督實施，組織實施水資源論證制度。負責水權制度建設並監督實施，組織指導水量分配和水資源調度並監督實施。組織實施和監督取水許可制度和水資源有償使用制度；指導水資源信息發布，組織編制全國水資源公報。組織指導計劃用水和節約用水，指導全國節水型社會建設，組織編制全國節約用水規劃，組織制定區域和行業用水定額並監督實施。按照有關規定，指導城市供水、排水、節水、汙水處理及回用等相關工作，指導城市汙水處理及回用等非傳統水資源開發，指導城市供水水源規劃的編制和實施，指導水利行業供水相關工作。組織編制水資源保護規劃，組織指導水功能區劃分並監督實施，指導飲用水水源保護和水生態保護，指導濕地生態補給；組織審批河湖納汙能力，提出限制排汙總量的意見；組織指導省界水量水質監督監測和入河排汙口管理工作。組織和指導地下水資源的開發、利用和保護，指導水利建設項目環境保護和水利規劃環境影響評價，負責水利建設項目環境影響報告書(表)的預審。承辦部門領導交辦的其他事項。
★財務部
編制中央水利部門預決算並負責預算執行，提出中央水利非建設財政資金安排意見，研究制定水利預算項目規劃和支出定額並組織實施。研究制定水利預算管理、財務管理、政府采購等水利資金管理制度並組織實施，負責省廳和直屬單位財政資金的支付管理。研究制定中央水利國有資產監督管理規章制度，承擔中央水利行政事業單位國有資產監督管理，辦理部直屬企業國有資本經營預算、資產評估管理、產權登記等相關工作。研究提出水利價格、行政事業性收費和信貸政策建議，參與中央直屬和跨省(自治區、直轄市)水利工程供水價格和部直屬水利工程上網電價管理，承擔部直屬單位行政事業性收費管理。承擔中央水利資金的監督檢查和績效評價，負責中央水利項目利用外資的財務管理。指導部直屬單位的財務管理和會計核算，負責部財務和行政經費管理，監督機關國有資產。承辦部門領導交辦的其他事項。
★人事部
組織制定水利系統人才規劃和相關政策，組織指導省廳和直屬單位幹部人事制度改革。負責參照公務員法管理的省直機關和管理單位的公務員。負責部直屬單位領導班子和後備幹部隊伍建設及幹部監督工作，承擔部管幹部日常管理工作。組織制定水利專業技術職務評聘標準和水利行業職業技能標準，組織指導部直屬單位專業技術職務評聘和專家管理工作，負責水利行業職業資格管理。負責省廳及直屬單位的機構編制管理和機構改革，組織指導水行政管理體制和水利經濟體制改革，負責水利社團管理。負責部機關及直屬單位工資管理工作，指導部機關直屬單位收入分配制度改革，研究制定水利行業崗位設置和人員編制標準。組織指導部直屬單位職工勞動保護、保健和療養工作，負責水利幹部人事統計，由歸口管理部門給予表彰和獎勵。負責部機關和直屬單位幹部教育培訓管理工作，組織制定水利幹部教育培訓計劃並監督實施。承辦部門領導交辦的其他事項。
★國際合作與科技司
負責部委機關和直屬單位的外事工作。承辦政府間水利事務，組織多邊和雙邊國際水利合作，歸口管理涉港澳臺水利交流。指導水利系統對外經濟技術合作與交流，引進國外智力。承辦國際河流涉外事務，研究制定國際河流相關政策，組織協調國際河流對外談判。負責水利科技工作，研究制定水利科技政策和發展規劃，承擔水利部科學技術委員會的日常工作。負責水利科技項目和科技成果的管理，組織重大水利科學研究、技術引進和技術推廣。組織指導水利科技創新體系建設，指導部屬科研院所相關工作和部級重點實驗室、工程技術研究中心的建設和運行管理。組織制定水利行業技術標準並監督實施，管理歸口管理的水利行業計量認證認可和質量監督工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★建設與管理部
指導水利設施、河流、湖泊、水域及其海岸線的管理和保護，指導河流、湖泊的管理和開發。指導水利工程建設和管理，負責水利工程質量監督管理，組織指導水利工程審批、蓄水安全鑒定和驗收。組織制定水庫運行調度規程，指導水庫、水電站大壩、堤防、水閘等水利工程的運行管理和劃界工作。組織實施具有控制性或跨省(自治區、直轄市)、跨流域的重要水利工程建設和運行管理。指導重要堤防、重要病險水庫和重要水閘的除險加固工作，組織中央投資的病險水庫和水閘除險加固工程的建設和管理。指導水利建設市場的監督管理，負責水利建設市場準入、項目法人設立、工程招投標、建設監理、工程造價和工程質量檢測的監督管理，組織指導水利建設市場信用體系建設。組織指導河道采砂管理工作，指導河道管理範圍內建設項目管理，組織實施河道管理範圍內工程建設方案審查制度。承擔水利部援藏領導小組辦公室的日常工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★水土保持司
組織協調全國水土保持工作，承擔水土流失的綜合防治和監督管理。組織制定水土保持政策、法規並監督實施，組織編制水土保持規劃和技術標準並監督實施。負責審查大中型生產建設項目的水土保持方案並監督實施。負責水土流失的監測和管理，組織水土流失的監測、預報和定期公告。負責國家水土流失重點防治區的管理，指導和監督國家水土保持重點建設項目的實施。協調全國水土保持科技工作，組織推廣水土保持科研成果，指導水土保持服務體系建設。承辦部門領導交辦的其他事項。
★農村水利部門
指導農村水利工作，組織制定農村水利法律法規、政策、發展規劃和行業技術標準並監督實施。組織協調農田水利基本建設，承擔水利部農田水利基本建設辦公室的日常工作。指導農村飲水安全、村鎮供排水工作，組織實施農村飲水安全工程。指導農田排灌，組織實施節水灌溉、灌區配套和節水改造、泵站建設和改造，指導灌溉試驗和指導農村節水工作。指導農村雨水集蓄利用，組織實施中央財政補助的重點小型農田水利工程，組織指導全國農業綜合開發重點水利工程建設和管理。指導牧區水利工作，組織實施牧區水利工程建設規劃。指導農村水利管理體制改革、農村水利社會化服務體系建設和農村水利技術推廣。承辦部門領導交辦的其他事項。
★安全監督部
組織制定水利安全生產和水利建設工程檢查的法律、法規、政策和技術標準並監督實施。指導水利行業安全生產工作，負責水利安全生產的綜合監督管理。組織開展水利行業安全檢查和專項監察。組織對水利工程安全生產和水庫、水電站大壩等水利工程的安全進行監督、管理和檢查。組織實施水利工程安全設施“三同時”制度，組織水利工程安全評價，監督管理水利安全生產社會中介機構，負責水利生產經營單位主要負責人和安全管理人員的安全資格考核。組織或參與重大水利生產安全事故的調查處理，負責水利行業生產安全事故的統計和報告，承擔部安全生產領導小組辦公室的日常工作。指導水利行業檢查。組織檢查中央投資的水利建設項目，督促檢查整改落實情況。組織或參與對水利建設項目違規違紀行為的調查，並按規定提出處理意見。承辦部門領導交辦的其他事項。
★國家防汛抗旱總指揮部辦公室
組織、協調、指導和監督全國防汛抗旱工作。組織、協調和指導臺風、山洪等災害防禦和城市防洪工作。負責實施重要江河湖泊和重要水工程的防汛抗旱調度和應急水量調度。編制並組織實施國家防汛抗旱應急預案，組織編制並實施全國重點受旱地區和重點缺水城市的防汛預案、洪水調度預案、水應急調度預案、抗旱預案等防汛抗旱專項應急預案。負責全國洪泛區、蓄滯洪區和防洪保護區的洪水影響評估，組織、協調和指導蓄滯洪區安全管理和補償工作。負責掌握和發布全國水旱災情，指導和監督重要江河防汛演練和抗洪搶險工作。負責國家防汛抗旱總指揮部各成員單位的綜合協調，組織各成員單位分析討論、研究部署和開展防汛抗旱工作，向國家防汛抗旱總指揮部提出防汛抗旱指揮、調度和決策的重要意見。負責中央防汛抗旱資金管理，指導國家防汛抗旱物資儲備和管理，防汛抗旱機動救援隊伍和抗旱服務組織建設和管理。負責組織實施國家防汛抗旱指揮系統建設，組織對全國防汛抗旱工作的評估。承辦國家防汛抗旱總指揮部和水利部領導交辦的其他工作。
★直屬機關黨委
負責省廳和京直屬單位黨群工作。宣傳貫徹黨的路線、方針、政策，在組織部及在京直屬單位學習黨員政治理論，編制局級領導幹部黨員政治理論培訓計劃並組織實施。指導各級黨組織做好黨員發展、管理和統戰工作，做好黨員和群眾的思想政治工作。協助部黨組管理機關各部門黨組織和群眾組織的幹部，配合幹部人事部門對機關行政領導幹部進行考核和民主評議，對機關行政幹部的任免和獎懲提出意見和建議。負責直屬機關的紀檢監察和廉政建設工作；組織協調反腐敗工作；受理黨員及其所在黨組織的檢舉、控告和申訴；審查處理直屬機關黨組織和黨員違反黨紀的案件，按照幹部管理權限審批黨員違反黨紀的處理決定。領導直屬機關工會、* *團委、婦工委等群眾團體，指導群眾團體按照章程開展工作。指導水利部精神文明建設指導委員會辦公室和水利部黨風廉政建設領導小組辦公室的工作。承擔上級領導交辦的其他任務。
★中央紀委監察部紀檢組監察局
監督檢查駐在部門及其所屬系統執行黨的路線、方針、政策和決議，遵守國家法律法規，執行國務院的決定和命令；監督檢查派駐部門黨組和行政領導班子及其成員維護黨的政治紀律、執行民主集中制、選拔任用領導幹部、落實黨風廉政建設和勤政工作責任制的情況；經批準，初步核實派駐部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀情況；參與查處本部門黨組和行政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；調查廳局級幹部違反黨紀政紀的案件和其他重要案件；協助駐在部門黨組和行政領導班子組織協調駐在部門及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對駐在部門的黨組織、黨員和行政監察對象的舉報和投訴，受理黨員和行政監察對象不服處分的投訴；完成中央紀委、監察部交辦的其他工作。
★老幹部局
貫徹黨中央、國務院關於離退休幹部工作的方針政策，組織制定實施辦法。組織落實省廳離退休幹部的政治生活待遇，引導離退休幹部發揮積極作用。承擔省直機關離退休幹部經費管理，參照公務員法協調流域管理機構管理人員退休費發放工作。負責省廳離退休幹部的日常服務管理。負責省廳老幹部活動站的建設和管理，指導水利部老年大學和老幹部活動中心的工作，組織離退休幹部開展文體活動。指導部直屬單位離退休幹部工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★農村水電和電氣化發展局
指導農村水電資源開發，制定農村水電資源開發的政策、法規、發展戰略、技術標準和規章並組織實施。組織水能資源調查，負責水能資源信息系統建設和水能資源調查成果管理。指導農村水電資源開發規劃的編制和監督，指導農村水電資源權屬管理，研究制定農村水電資源有償使用制度。承擔中央財政補助的農村水電資源開發項目審計，參與指導水電項目合規性和工程建設方案審查。指導農村水電資源開發項目質量安全工作，參與重大安全事故的督辦。指導農村水電體制改革，指導農村水電工程設施產權制度改革，指導農村水電電網建設和改造。指導水電農村電氣化工作，組織編制水電農村電氣化規劃並監督實施，指導水電農村電氣化縣建設和後評價工作。指導小水電代燃料工作，組織制定全國小水電代燃料規劃並監督實施，指導小水電代燃料工程的建設和管理。指導農村水電行業技術進步和培訓，承擔全國農村水電資源開發和水利系統綜合利用統計工作。承辦部門領導交辦的其他事項。
★水庫移民開發局
指導全國水利工程移民工作，制定水利工程移民政策法規，組織起草水利工程移民法律法規並監督實施。負責水利工程移民行業管理，指導水利工程移民統計、業務培訓和信息管理工作。承擔大中型水利工程移民規劃綱要的審批和移民規劃的審核，組織實施水利工程移民驗收、移民監管和評估制度。承擔對各省(自治區、直轄市)水庫移民後期扶持政策落實情況的指導、監督和檢查，承擔全國水庫移民後期扶持政策部際聯席會議辦公室的日常工作。指導大中型水庫移民後期扶持規劃、大中型水庫庫區和移民安置區基礎設施建設和經濟發展規劃的編制，承擔新建大中型水庫移民後期人口扶持核定工作，組織對全國水庫移民扶持政策落實情況的監測評估。組織對大中型水利工程移民和後期扶持水庫移民相關計劃執行情況的檢查和內部審計。承擔水利部扶貧領導小組的日常工作。承辦水利部交辦的其他工作。