辦公室
負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、信訪、議案、建議、提案、保密、新聞發布和政府信息公開工作；承辦重要事項的組織和監督；
承擔機關信息化建設和後勤保障工作。
法律事務辦公室
負責推進依法行政的全面工作；起草園林綠化管理的地方性法規和政府規章草案；負責行政執法的監督、指導和協調；承辦行政復議和應訴的相關工作；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作；組織法制宣傳教育。
實驗室
承擔本市園林綠化重大問題的調查研究，提出意見和建議；承擔重要文稿的起草工作；組織編纂相關地方誌和年鑒。
聯絡處
組織編制本市城鄉綠化美化年度計劃；組織協調中央直屬機關、中央國家機關、解放軍、武警部隊等駐京單位、其他社會團體和國際友人的義務植樹活動；組織協調有關部門開展綠化工作和對外交流及相關聯絡工作；協調綠化美化的宣傳工作。
義務植樹辦公室
組織本市城鄉綠化美化和義務植樹；組織認養公益性綠地、林地和樹木；承擔友誼林、紀念林、紀念樹的監督管理；組織綠化美化檢查、驗收、評比和表彰；組織創建群眾性綠化美化活動。
規劃和發展辦公室
承擔全市園林綠化規劃管理的相關工作，依法承擔專業規劃的行政許可工作；編制園林綠化中長期發展規劃，提出發展和改革的政策建議；會同有關部門編制園林綠化專業規劃和綠地系統詳細規劃，參與城市總體規劃中園林綠化部分的研究和評估；協助審核園林規劃建設項目中綠地的比例和布局；參與重點園林綠化工程設計方案的組織、論證和評估。
造林和森林管理處(生態林建設管理處)
承擔本市生態林建設、防沙治沙、造林綠化和林木種苗管理工作，制定相關管理辦法和政策措施，依法承擔相關行政許可工作；編制生態林建設的長遠和年度規劃、技術規程和標準，並監督實施；組織和指導樹木和綠地有害生物的監測、檢疫和防治；承擔林木種質資源的保護和利用；組織和指導以生物措施為主的水土流失防治工作；監督和管理重點造林和育林項目。
城市綠化部
承擔本市城市園林綠化建設和養護管理工作，制定相關管理辦法和政策措施，依法承擔相關行政許可工作；組織編制城市園林綠化建設規劃和年度計劃，並監督實施；制定園林綠化工程建設和養護管理的規章制度和標準，並監督實施；承擔園林綠化行業的招標管理工作；組織城市園林綠化工程的質量和安全監督驗收；組織協調重大活動的綠化、美化和環境布置；指導屋頂綠化工作；指導和監督城市綠地的維護和管理，承擔綠化補償費的征收和管理；承擔城市園林綠化施工企業資質和信用信息管理；承擔直屬綠地的管理工作。
林業局資源處(木材管理處)
承擔本市森林資源和林權管理工作，制定相關管理辦法和政策措施，依法承擔相關行政許可工作；制定森林資源調查規劃和相關規章制度，組織調查、統計和動態監測；承擔林地調查、定級、登記、林權登記發證管理工作，協調處理林權爭議；組織編制森林采伐限額；承擔育林基金和森林植被恢復費的征收管理；協調和指導木材資源的綜合利用。
公園景區部
承擔本市公園、風景名勝區的行業管理，依法承擔相關行政許可工作；組織制定公園和風景名勝區發展規劃，並監督實施；制定公園和風景名勝區的管理標準和規範，監督和指導公園和風景名勝區的建設和管理；承辦公園的登記工作；參與公園規劃設計方案的審核；組織公園和風景名勝區資源的調查和評價；承擔世界遺產的申報工作；承擔公園、景區公共信息服務管理工作；指導公園和風景名勝區的精神文明建設。
林場辦公室(花卉產業辦公室)
承擔本市國有林場、森林公園的管理工作，制定相關管理辦法和政策措施，依法承擔相關行政許可工作；制定國有林場建設規劃和國有森林資源開發利用規劃，並組織實施；指導國有林場造林和資源保護工作；承擔直屬林場、苗圃的管理工作；承擔花卉產業管理工作，制定花卉產業發展規劃，提出促進產業發展的政策措施，並組織實施；組織花卉品種的研發、引進、技術培訓和推廣應用。
野生動物保護服務
承擔本市自然保護區管理和陸生野生動物保護工作，制定相關管理辦法、政策措施和管理規範，依法承擔相關行政許可工作；組織自然保護區和濕地公園的建設和管理；監督和指導自然保護區、濕地和陸生野生動物的保護和合理利用；監督和指導陸生野生動物疫源、疫病的監測和重點陸生野生動物的救護、繁育工作；承擔古樹名木資源普查及相關監督管理工作；承擔野生動物資源保護管理費的征收和管理。
工業發展司
擬訂本市果樹、蜂蠶、林木種苗、森林資源利用等產業的發展規劃、政策和措施，制定相關管理規範和技術標準，並組織實施；組織和指導果樹、蜂蠶、林木種苗等新品種、新技術的引進、試驗、示範、推廣和技術培訓；開展與促進產業發展和管理相關的信息服務；引導、規範和促進相關行業協會和社會中介組織的發展。
科技司
承擔本市園林綠化的科技管理工作；制定園林綠化科技工作的發展規劃和年度計劃，並組織實施；承擔園林綠化各類標準的綜合管理和協調工作；組織園林綠化重大科技項目的研發，承擔相關的技術普及和科普工作；承擔園林綠化和環境保護的協調工作；組織和指導林業碳匯工作；開展對外技術合作與交流。
應急工作辦公室
承擔本市森林防火應急管理的日常工作；組織相關應急預案的編制、修訂和演練；承擔突發事件信息的收集、整理、分析、報告和發布工作；承擔北京市森林防火指揮部(北京市森林防火應急指揮部)的辦公工作；承擔突發林業有害生物事件和沙塵暴應急管理相關工作；協助畜牧獸醫行政管理部門做好陸生野生動物疫情應急處置工作；承擔機關及下屬單位的安全生產和內部保衛工作。
財務規劃(審計)辦公室
制定本市園林綠化發展的年度計劃；承擔園林綠化項目及相關專項資金的監督管理；承擔行政事業性收費的監督管理；負責機關及下屬單位的財務管理、固定資產管理和內部審計；承擔相關統計工作。
人事處
負責機關及下屬單位的人事、組織、教育培訓、隊伍建設等工作。
市園林綠化局森林公安局
(掛北京市公安局森林公安局牌子，以下簡稱市公安局森林公安局)負責本市森林公安工作，管理森林公安隊伍；依法查處破壞森林資源和陸生野生動物資源的案件；組織指導森林火災撲救工作和撲救隊伍建設。
黨委(團委)
負責機關及下屬單位的黨群工作。
工會
負責機關及下屬單位的工會工作。
離退休幹部辦公室
負責機關及下屬單位退休人員的管理和服務工作。紀檢監察機構按照有關規定派駐。