根據上述職責，重慶市中小企業局（重慶市鄉鎮企業局）設8個內設機構（正處級）。
（壹）辦公室
綜合協調機關政務工作；負責會務、文秘、信息、督辦、接待、保密和信訪等工作；負責局機關行政、後勤、財務等工作；負責辦公自動化、政務網絡建設、節能降耗有關工作。
（二）經濟運行處
負責擬訂全市中小企業、鄉鎮企業中長期發展規劃和年度計劃並組織實施；分解下達市委、市政府發展中小企業、鄉鎮企業的目標任務，並負責考核評價和督查工作；負責全市中小企業、鄉鎮企業、非公有制經濟統計分析、預測監測工作，並提出調控措施和目標。
（三）產業發展處（三峽庫區淹沒工礦企業結構調整辦公室）
貫徹執行國家產業政策，指導產業結構、產品結構調整工作；指導中小企業、鄉鎮企業投資方向，負責項目庫建設和項目論證、推薦工作，培育重點優勢產業及成長型企業；負責國家和市專項資金扶持項目的管理；指導協調解決企業生產經營中的重大問題；負責推進全市都市工業園（樓宇）、小企業創業基地和特色產業集群建設工作；負責全市農產品加工業發展相關工作；協助區縣（自治縣）政府有關部門做好中小企業、鄉鎮企業的安全生產和環境保護工作；組織協調庫區淹沒企業關閉、破產、遷建工作。
（四）對外經濟合作處
指導全市中小企業、鄉鎮企業的外經、外貿、外資工作和出口商品基地建設工作，培育扶持出口創匯重點產業和骨幹企業；指導中小企業、鄉鎮企業招商引資工作；組織中小企業開展國際、國內經濟技術協作和市場開拓；指導協調中小企業、鄉鎮企業對外經濟合作；承擔外事接待、出國組團相關工作；負責市場服務體系的建設。
（五）政策法規處（重慶市人民政府民營經濟維權投訴中心）
起草有關中小企業、鄉鎮企業的地方性法規、規章；負責機關規範性文件的合法性審查工作；承擔機關重要文件起草和新聞宣傳工作；開展有關法律、法規、政策咨詢；承辦相關行政復議、行政訴訟等法律事務；負責監督檢查有關法律、法規和政策的貫徹執行；指導現代企業制度建設；承辦中小企業、鄉鎮企業維權投訴工作，督促協調有關機構和組織對投訴事項進行調查處理；負責協調減輕中小企業、鄉鎮企業負擔工作。
（六）融資服務處（發展基金管理辦公室）
貫徹執行國家和市有關中小企業融資的法律、法規和政策措施；指導中小企業、鄉鎮企業開展融資工作；引導和推動民間資金和風險投資機構對中小企業、鄉鎮企業的投入；負責全市中小企業（鄉鎮企業）發展基金的組織和管理；推進中小企業、鄉鎮企業信用服務體系和融資服務體系的建設。
（七）科技處
組織實施全市中小企業、鄉鎮企業科技進步發展規劃；指導中小企業、鄉鎮企業技術開發、技術進步、技術創新、產學研結合、科技成果的應用和推廣；負責科技創新扶持項目的管理；指導中小企業、鄉鎮企業的信息化建設；負責科技服務體系的建設。
（八）人事教育處（引進智力工作辦公室）
指導全市中小企業、鄉鎮企業人才建設、宣傳學習和思想政治工作；負責中小企業、鄉鎮企業優秀人才的評選表彰工作；指導和組織中小企業、鄉鎮企業的職稱改革和技術職務的評審；指導全市中小企業、鄉鎮企業的職工教育培訓和職業技能鑒定工作；負責機關的組織人事和機構編制工作。
機關黨委負責機關和所屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處負責機關離退休人員管理工作，指導所屬單位的離退休人員工作。