1、登錄自然人電子稅務局客戶端；
2、選擇稅費申報模塊；
3、在經營所得申報列表中選擇適用的經營所得預繳申報表；
4、填入合夥企業經營所得收入、成本費用等信息後提交申報。
自然人電子稅務局扣繳端的操作流程：
1、登錄自然人電子稅務局平臺；
2、選擇“扣繳客戶端”功能模塊；
3、在扣繳客戶端頁面，選擇“增加企業”功能；
4、輸入企業的相關信息，包括企業名稱、稅號等；
5、提交企業信息，等待系統審核；
6、審核通過後，企業將被添加到扣繳客戶端中。
綜上所述，企業可以通過登錄自然人電子稅務局客戶端，選擇稅費申報模塊，然後在經營所得申報列表中選擇適用的經營所得預繳申報表，並填入相關信息後提交申報。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第十五條
企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位（以下統稱從事生產、經營的納稅人）自領取營業執照之日起三十日內，持有關證件，向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當於收到申報的當日辦理登記並發給稅務登記證件。工商行政管理機關應當將辦理登記註冊、核發營業執照的情況，定期向稅務機關通報。本條第壹款規定以外的納稅人辦理稅務登記和扣繳義務人辦理扣繳稅款登記的範圍和辦法，由國務院規定。