壹、總公司與分支機構申請合並報稅流程：
（壹）申請
納稅人攜帶資料向主管稅務機關辦稅服務大廳提出申請。申請資料如下：
1、分支機構稅務登記證復印件；
2、總機構稅務登記復印件；
3、《非獨立核算分支機構合並申報認定表》。
（二）審核
稅務機關審核提出合並申報申請的企業是否為非獨立核算分支機構，審核被合並申報企業是否存在於進行合並申報企業的分支機構名單中，檢查其分支機構與總機構的核算方式，賬務往來，賬簿設立情況是否符合查賬征收合並申報的要求。符合條件的予以辦理。
（三）生效取件
納稅人在稅務機關承諾的期限後，到受理窗口領取審批結果。
二、根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第二十二條有關規定，現將固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅政策通知如下：固定業戶的總分支機構不在同壹縣（市），但在同壹省（區、市）範圍內的，經省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。
省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局應將審批同意的結果，上報財政部、國家稅務總局備案。
擴展資料：
根據《中華人民***和國稅收征收管理法》及其實施細則、《中華人民***和國企業所得稅暫行條例》及其實施細則和有關規定，總局決定對匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預交、集中清算”的征收管理辦法，現將有關問題通知如下：
八、匯繳企業所屬成員企業為多層次的，即有二級、三級或四級成員企業，並且在同壹省、自治區、直轄市和計劃單列市區域內的，本通知第三條規定的成員企業就地預交企業所得稅的比例，是指二級成員企業將所屬成員企業就地預交的企業所得稅合並之後應達到的比例。
如果二級成員企業的所屬企業根據本通知第三條規定的比例就地預交的企業所得稅匯總後超過本通知第三條規定比例的，省級稅務機關可適當調整二級成員企業所屬企業就地預交的比例。
九、匯繳企業應在年度終了後4個月內，向所在地主管稅務機關報送匯總後的《企業所得稅年度納稅申報表》及有關財務會計報表，並附送各二級成員企業匯總的《企業所得稅年度納稅申報表》，集中清算，統壹辦理匯繳企業所得稅的年度匯算清繳。
十、匯繳企業根據匯總的企業所得稅年度納稅申報表，統壹計算的應納所得稅額，大於成員企業按規定比例在當地預交的企業所得稅額的部分，由匯繳企業在規定時間內補繳；小於成員企業在當地預交的企業所得稅額的部分，由匯繳企業抵繳下壹年度統壹計算的應繳企業所得稅額。
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