物流成本壹般占總成本的30% ~ 40%，但中國跨境電商的物流成本更高。由於涉及跨境貿易和跨境物流，物流的產業鏈和環節更長，包括國內物流、國內海關、國際運輸、國外海關、國外物流等環節，尤其是海關和商檢，操作難度和風險更大，無形中增加了我國跨境電商的物流成本。
(二)運輸和配送周期長
根據Focalprice的客戶滿意度調查發現，跨境電商最大的客戶投訴集中在物流方面，物流周期長是客戶投訴的重點。跨境貿易的特點使得物流的產業鏈和環節更長，通關商檢的周期導致我國跨境電商的物流周期遠長於國內電商物流。跨境物流中，運輸配送時間問題突出，半個月到幾個月不等。在購物旺季，比如聖誕節，物流時間會更長。很多電商止步於物流配送，加上通關、商檢的時間，跨境物流的周期更長，成為中國跨境電商發展的壁壘。
(3)政治、文化、法律和習俗風險。
根據波特的PEST模型，政治環境和社會環境影響深遠。跨境電商涉及跨國交易，無法回避當地政治、知識產權、地域習慣、政策變化等因素。烏克蘭政變、越南政局動蕩、巴西高稅收高福利、伊斯蘭國家宗教信仰、東南亞排外政策和地方保護主義等諸多因素，都會對中國跨境電商物流產生深遠影響。
(D)匯率風險
跨境貿易涉及匯率。當壹國貨幣貶值或升值時，稅率會發生變化，間接導致跨境電商利潤減少。以盧布為例。2013以來，盧布對美元和人民幣匯率下跌，貨幣持續貶值。中國的跨境電子商務公司使用盧布結算在線交易，但支付的是人民幣。因為盧布持續貶值，在華從事業務的跨境電商利潤下降。
(E)難以實現退貨的流向。
中國跨境電商物流環節多、覆蓋面廣，整個物流鏈上的各個節點都會產生退貨的流動。退貨也是困擾跨境電商的壹大難題。電子商務的特點導致退貨率高、物流周期長、商品質量問題、商品丟失、海關和商檢風險、發貨地址錯誤等壹系列問題，都導致了退貨的流向。尤其是在歐美發達國家，當地“無理由退貨”的消費習慣和文化，使得中國跨境電商退貨率呈現持續增長趨勢。由於涉及跨境通關和物流，貨物回國很難有暢通的渠道，各種相關成本增加，甚至退貨產生的費用嚴重超過貨物價值，這是國內跨境電商無法接受的，從而導致退貨困難。
動詞 （verb的縮寫）對策和建議
2013是中國跨境電商元年。經過壹年多的發展，中國跨境電子商務市場初步形成。隨著市場規模的不斷擴大和政府相關政策的逐步完善，未來幾年將迎來中國跨境電商發展的黃金期。電子商務與物流如影隨形，跨境電子商務物流問題不斷湧現，嚴重影響和制約了我國跨境電子商務的發展。為了應對諸多物流問題，國內不少跨境電商紛紛涉足海外倉業務。通過在海外設倉，可以有效解決國內跨境電商遇到的很多物流問題。