(1)供應鏈斷裂風險。供應鏈融資主要是銀行依靠核心企業的信用為整個供應鏈提供融資的金融解決方案。核心企業壹般都是大型企業，上下遊大部分都是中小型企業。其實就是把核心企業的融資能力轉化為上下遊中小企業的融資能力，提高上下遊中小企業的信用等級。在融資工具向上下遊延伸的過程中，壹旦核心企業的信用風險出現，這種風險必然會隨著交易鏈向系統中的上下遊中小企業擴散，從而影響供應鏈融資的整體安全性。
(2)道德風險。供應鏈融資涉及的主體有金融機構、核心企業、中小企業和第三方物流企業等。這些主體在供應鏈融資業務中具有相同的利益取向和不同的利益訴求。當利益發生沖突時，壹些主體可能會采取損人利己的行為，從而產生道德風險。當核心企業實力不夠強大或累計或有債務超過其承諾限額，無法有效履行對下遊的交割和擔保責任時，可能會利用其強勢地位與下遊經銷商合謀，利用虛假交易套取銀行資金，從而可能引發道德風險。
(3)操作風險。目前我國的信用體系比較薄弱，沒有建立起比較完善的信用體系，存在信息不對稱和失真。而涉及到國際貿易的供應鏈融資，對國外核心企業信用狀況的了解就更加薄弱，供應鏈的動態風險監控就可能存在疏漏。