顧客關系管理上的風險。在顧客關系管理上，企業采用第三方物流後可能存在削弱企業同顧客關系的風險。采用第三方物流後，訂單集成、產品的遞送甚至售後服務壹般是由第三方物流完成的，最直接接觸顧客的往往是第三方物流企業，基本上是由第三方物流企業與顧客打交道，從而大大減少了客戶企業同顧客直接接觸的機會，減少了直接傾聽顧客意見和密切顧客關系的機會，這對建立穩定的顧客關系無疑是非常不利的。第三方物流割裂企業同最終顧客的聯系，可能導致企業顧客快速反應體系失靈，甚至對企業形象造成傷害。例如，由於第三方物流企業經常與企業的顧客發生交往，第三方物流企業會通過在運輸工具上噴塗自己的標誌或讓員工穿著統壹服飾等方式來提升第三方物流企業在顧客心目中的整體形象而取代客戶企業的地位。
業務流程重組帶來的風險。將物流外包給第三方，必然會改變企業的運作流程，企業要進行業務流程重組，要將面向職能的管理改變為面向流程的管理。這個過程很可能對職能部門的業務及員工的生存產生影響，如:物流外包意味著職能部門目前從事的工作很可能會被第三方物流所取代，壹些員工可能被解雇，因此可能遭到企業內部員工的抵制，如果業務流程重組的各個環節處理不當，就會對企業正常的生產經營產生負面影響，這對企業的管理者來說意味著壹個非常大的風險。
企業戰略被泄密的風險。對企業來說，為了保持其競爭優勢，特別需要將諸如原材料供應、生產流程、技術工藝、銷售網絡等戰略運營要素保持壹定的隱秘性。企業采用第三方物流後，由於雙方合作的緊密性以及提高物流效率的需要，通常要求雙方的信息平臺對接，實現有關信息***享，其中不乏企業的大量機密戰略信息，如銷售策略、產品更新等。這樣，從渠道調整到市場策略，從經營現狀到未來預期，從產品轉型到顧客服務策略，第三方物流企業都可能得到客戶企業相關的信息，從而對客戶企業的企業戰略也就通常有很深的認識。最令企業擔心的是，在某壹行業專業化程度高、占有較高市場份額的第三方物流企業往往會擁有該行業諸多企業的客戶，而它們正是企業的競爭對手，第三方物流企業與客戶企業的信息***享可能會導致企業的運營情況通過第三方物流企業而泄露給競爭對手。