檢查內容主要包括，農民工工資支付各項制度落實情況，涉及工程款支付擔保制度、工資支付專用賬戶制度、 用工實名制管理制度、工資保證金（保函）制度、維權信息公示制度等；合同履約情況，涉及建設單位工程款支付情況、施工單位合同履約情況；施工發包與承包情況，涉及建設單位是否存在違法發包問題，施工單位是否存在轉包、違法分包及掛靠問題。
檢查主要分為兩個階段，即日起至10月14日為自查階段，10月15日至30日為抽查階段。
參建單位自查。各園區、鎮街住房和城鄉建設局要組織轄區內在建房屋市政工程的建設單位嚴格落實工程質量首要責任，采取有效措施規範工程的發承包行為，會同施工總承包單位、專業承包單位、勞務作業單位等參建單位做好自查工作。自查中發現涉嫌違法違規行為的要及時開展整改。
屬地部門自查。各園區、鎮街住房和城鄉建設局應聯合屬地公安、人社、稅務、市場監管部門組成檢查小組，制定工作計劃，提前三天通知項目按照要求準備好相關備檢材料，對在建項目進行全面自查，特別要對項目管理人員到位率低、工期嚴重滯後、質量安全隱患多、工人工資糾紛多的工程進行重點檢查，建立項目臺賬，對不及時整改的企業實施重點監控。
在自查過程中，各園區、鎮街住房和城鄉建設局應按照相關文件要求，對涉嫌存在違法發包、轉包、違法分包及掛靠等違法行為的企業做好相關調查取證工作。
抽查階段，東莞市住房和城鄉建設局將會同公安、人社、稅務、市場監管部門組成工作組，實地抽查在建工程。
在實地抽查時，對施工總承包單位未落實用工實名制管理、工資支付專用賬戶、工資保證金（保函）的，責令限期改正，並作不良行為扣分處理；逾期不改正的，責令項目停工，並處罰款；情節嚴重的，給予施工總承包單位限制承接新工程、降低資質等級、吊銷資質證書等處罰。
對建設單位未依法提供工程款支付擔保、未按約定及時足額向工資專用賬戶撥付工程款中的人工費用的，責令限期改正；逾期不改正的，責令項目停工，並處罰款。
對專項檢查發現的違法違規行為線索，東莞市住房和城鄉建設局將按程序予以深挖細查。對已查實的發承包違法行為，東莞市住房和城鄉建設局依法責令違法主體限期改正，對責任單位和直接責任人予以行政罰款，沒收違法所得，情節嚴重的可以責令停業整頓，降低資質等級直到吊銷資質證書等。